Im Jahr 2004 erhielt der Audi A3 ein Update mit einer komplett neuen Frontpartie, einem großen Kühlergrill, aufgefrischten Scheinwerfern, neuen Stoßfängern sowie neuen Rädern und Außenlackierungen.
Seine fünftürige Version wurde Sportback genannt, nur um sie von der dreitürigen Version mit dem Namen Fließheck zu unterscheiden.

Die zweite Generation des Audi A3 wurde auf dem Genfer Autosalon 2003 vorgestellt. Er basiert auf einer neuen Plattform und kommt im Juni 2004 als Sportback-Version mit fünf Türen auf den Markt. Im Fließhecksegment war der Sportback das einzige Premiumauto mit fünf Türen. Der BMW 3er Compact und das Mercedes-Benz Sportcoupé waren nur als Dreitürer erhältlich.

Es gab ein neues Design, das von Walter da Silva signiert wurde, aber es zeigte den neuen Frontgrill, der zum ersten Mal beim Audi A8 W12 eingeführt wurde. Im Vergleich zum 3-Türer war der A3 Sportback aufgrund eines längeren Radstands um 80 mm länger. Auf dem Dach konnte der Kunde ein Paar silberne Dachreling wählen. Das Heck hatte eine neue Stoßstange und Rückleuchten im A4-Stil erhalten. Seine dritte Bremsleuchte wurde auf dem kleinen Dachspoiler installiert.

Im Inneren war Platz für fünf Passagiere. Es war ein erstklassiges, kompaktes Fahrzeug mit erstklassigen Annehmlichkeiten wie einer automatischen Klimaregelung und einem neuen halbautomatischen Getriebe. Ledersitze und Sportschalensitze wurden optional oder bei bestimmten Modellen serienmäßig angeboten.

Im Vergleich zu seinen Konkurrenten war der A3 Sportback mit Allradantrieb erhältlich.