Der Audi A6 der Generation 1998 erhielt sein erstes – und einziges – Facelift im Jahr 2001.
Abgesehen von der neu gestalteten Linienführung (darunter überarbeitete Scheinwerfer, ein neu entwickelter Frontgrill und eine neu gestaltete Abgasanlage) wurde der neue A6 Avant mit einem innovativen stufenlosen Multitronic-Getriebe (für Modelle mit Frontantrieb) und optional „quattro“ permanent all ausgestattet -Radantriebssystem für die meisten Modelle. Einige der Motoren wurden modifiziert und erhielten zusätzliche PS, während die 1,8-Liter-Einheit durch einen neuen 130-PS-2,0-Liter-Motor ersetzt wurde. Es wurde 2004 mit der Einführung eines A6-Modells der neuen Generation eingestellt.