Lincoln entstand 1917 als unabhängiger Hersteller von Luxusautos. Gegründet vom Ingenieursgenie Henry M. Leland nach seinem Weggang von Cadillac, das er mitbegründet hatte, erhielt das Unternehmen den Namen Lincoln als Erinnerung an die Bewunderung, die Leland für das Jetzt hegte verstorbener Staatsoberhaupt. In einem makabren Zufall wurde Präsident JFK genau wie Abraham Lincoln ermordet. Zum Zeitpunkt seines Todes wurde JFK in einer Lincoln Continental-Limousine gefahren.
Bevor sich jedoch ein solches Drama ereignete, war Lincoln eine ziemlich kleine Firma, die während des Ersten Weltkriegs Liberty-Flugzeugtriebwerke für die Armee lieferte. Nachdem er sich mit Sohn Wilfred zusammengetan hatte, stellte Leland seine Fabrik direkt nach dem Krieg auf die Herstellung von Luxusautos um. Trotz Lelands Fähigkeiten und des Potenzials seiner Fahrzeuge stieß die Fabrik auf mehrere konstruktionsbedingte Hindernisse und finanzielle Probleme, die nicht überwunden werden konnten. In den Bankrott gezwungen, verkaufte Leland seine Firma 1922 für 8 Millionen Dollar an Ford.
Bald nach der Übernahme durch Ford ging Lincolns erste Automobilserie in die Massenproduktion. Unter Ford wurden Lincolns Styling-Probleme gelöst, ebenso wie die finanziellen Probleme, mit denen zuvor experimentiert wurde. An den Originalmotoren von Leland wurden nur geringfügige oder gar keine Änderungen vorgenommen. In Verbindung mit Produktionskostensenkungen ermöglichte dies dem Unternehmen, im Dezember 1922 rund 5.500 Fahrzeuge zu verzollen.
Ab 1923 erschienen neuere Karosserievarianten, von denen viele das Ergebnis von Partnerschaften mit Karosseriebauern wie Fleetwood und Brunn waren. Dies führte zum Erscheinen einer diversifizierten Palette von Fahrzeugen, bestehend aus großen Limousinen und Limousinen, die bis zu 7 Passagiere aufnehmen konnten. Trotz der ziemlich hohen Preise, mit denen diese speziellen, von Kutschen gebauten Fahrzeuge geliefert wurden, sanken die Verkäufe von Lincoln nicht. Sie taten genau das Gegenteil und verzeichneten mit 7.875 verkauften Fahrzeugen eine spektakuläre Steigerung von 45 % gegenüber den Vorjahren.
Die 1924er Jahre brachten die Veröffentlichung der berühmten Flyer hervor, die von US-Polizeibehörden ausgiebig verwendet wurden. Die Autos präsentierten einige Funktionen, die bei Privatmodellen erst zwei Jahre später eingeführt wurden. Zwei Radscheibenbremsen, Waffenständer, gepanzerte Fenster und Polizeipfeifen gehörten zu den vielen “Zubehörteilen”, mit denen die Flyer ausgestattet waren.
Das wahrscheinlich berühmteste Auto, das jemals von Lincoln gebaut wurde, entstand 1932 auf dem Zeichenbrett von Eugene T. „Bob“ Gregorie. Die spätere Veröffentlichung des Zephyr im Jahr 1936 schlug die Tore für die Veröffentlichung des Continental auf. Letzteres war eigentlich ein modifiziertes Zephyr Coupé von 1938, das Gregorie zerlegt und mit einer vertikalen Reifenhalterung versehen hatte. Das Auto wurde so erfolgreich, dass es in über 5000 Einheiten verkauft wurde, bis die Produktion 1948 eingestellt wurde.
Der Continental würde jedoch nicht endgültig untergehen. Es wurde später durch das Mark II-Modell wiederbelebt. Bis 1955 konnte der Mark II für atemberaubende 10.000 Dollar gekauft werden, so viel wie ein Rolls Royce damals kostete.
Spätere Designs, wie das Town Car und der wuchtige Navigator, halfen Lincoln, bis 1998 die meistverkaufte Luxusautomarke in den USA zu werden. Nach einem kurzen Eigentümerwechsel zwischen 1998 und 2002, als Lincoln zur Premier Automotive Group gehörte, wurde das Unternehmen auf dem Gelände von Ford zurückgegeben, wo es noch heute zu finden ist.
Trotz seiner Tradition als Hersteller von Luxusautos und Zulieferer von Präsidentenlimousinen hat das Unternehmen in den letzten Jahren einen herben Rückschlag erlitten, nachdem es gegen asiatische und europäische Importe verloren hatte. Dies ist hauptsächlich auf den Mangel an neuen Modellen zurückzuführen, ein Problem, das Ford durch die Neuerfindung der Marke zu lösen hofft. Lincolns Aufstieg ist immer noch durch die Veröffentlichung von Modellen wie dem MKZ und MKX abgewickelt.