Der Name Lincoln Zephyr geht zurück in die späten 30er Jahre, als er als Luxuslimousine gebaut wurde und das Modell von 2005 auf dasselbe Segment abzielte.
Während ein V12 ihn nicht wie seinen illustren Vorgänger antreibt, bot der 2006er Zephyr mehr Komfort und Leistung als das. Ford baute den Zephyr auf der gleichen Plattform wie den Mazda 6, aber mit einem längeren Radstand, um den Fondpassagieren mehr Komfort zu bieten.

Sein verchromter Kühlergrill verstärkte seine keilförmige Optik mit vertikalen Lamellen an der Front und den eckigen Scheinwerfern. Das Auto war mit breiten Rücklichtern ausgestattet, die zwischen den hinteren Seitenverkleidungen und dem Kofferraumdeckel auf der Rückseite aufgeteilt waren. Vielleicht sah seine lange Kabine zu konservativ aus, aber sie erfüllte tatsächlich ihren Zweck, fünf Passagiere bequem unterzubringen.

Im Inneren wies der Zephyr ein fast vertikales Armaturenbrett mit elegantem Aussehen und kreisförmigen Lüftungsöffnungen auf. Lincoln installierte ein 10-Lautsprecher-Infotainmentsystem mit einem Touchscreen und einem zusammen mit dem THX-Spezialisten entwickelten CD-Player auf der Mittelkonsole. Die Aluminium- und Holzverkleidungen ließen das Auto sehr stilvoll aussehen. Dank eines niedrigeren Getriebetunnels, der für die Allradversionen verwendet wurde, war im Fond Platz für fünf Personen. Seine im Verhältnis 60/40 geteilt umklappbare Rückenlehne für die Rückbank ermöglichte eine Vergrößerung des ohnehin schon beeindruckend großen Kofferraums.

Unter der Karosserie war der Zephyr in allen Ecken mit Einzelradaufhängung ausgestattet. Sein von Ford bereitgestellter V-6-Motor verfügte über eine variable Nockenwellensteuerung und war mit einem serienmäßigen Sechsgang-Automatikgetriebe gekoppelt.