Drei Jahre nach der Einführung des Cordoba-Kombimodells stellte der spanische Autohersteller die Facelift-Version der gesamten Baureihe vor.
Während die Kombi-Version nach nur drei Jahren keine Auffrischung benötigte, tat dies der Rest der Baureihe, da er bereits sechs Jahre alt war. Als SEAT 1993 die Cordoba-Reihe auf den Markt brachte, hatte das Unternehmen nicht genug Geld, um eine komplette Reihe zu bauen, also musste es weitere drei Jahre warten, um seinen Kombi im kleinen Segment einzuführen. Als es auf den Markt kam, war sein Aussehen bereits alt, und die Aktualisierung von 1999 hat das behoben.

Das Modell von 1999 hatte weichere Kanten und einige geschwungene Linien über der Karosserie. Seine Scheinwerfer trugen an der Oberseite eine Wölbung, während sein Vorgänger rechteckige hatte. Auf der Suche nach seinem Markenimage führte der Autohersteller ein neues Emblem an der Front ein, umgeben von einer in Wagenfarbe gehaltenen Umrandung. Die Stoßstange war neu und wies quadratische Nebelscheinwerfer anstelle der runden auf. SEAT führte die in Wagenfarbe gehaltenen Türgriffe ein und wertete die Seitenansicht auf. Hinten änderte der Autobauer die Stoßstange und fügte ein schwarzes Gummiband hinzu.

Im Inneren führte der Autohersteller ein völlig neues Armaturenbrett mit besserer Integration für das Belüftungssystem und glatten Lüftungsöffnungen oben auf dem Mittelstapel ein. Im Inneren des Kombiinstruments übernahm SEAT den Stil von Volkswagen für die Zifferblätter, wobei die Temperatur- und Kraftstoffanzeigen in der Mitte und auf der Oberseite des Panels installiert waren.

SEAT bot den Cordoba mit einer Auswahl von sieben Motoren an, sowohl Benziner als auch Diesel, die zwischen 68 PS und 110 PS reichten. Alle Motoren waren mit einem Fünfgang-Schaltgetriebe gekoppelt.

Seat stellte 1993 die erste Generation des Cordoba vor, drei Jahre später war er als Kombi-Version mit dem Namen Vario erhältlich.
Nach dem erfolgreichen Start der zweiten Generation der Ibiza-Reihe stellte der spanische Autohersteller eine Drei-Box-Version namens Cordoba vor. Sie teilten sich die gleiche Plattform mit dem Polo. Aber der deutsche Autohersteller, dem die spanische Marke bereits gehörte, beschloss, die Kombi-Version zu verschieben und sie 1996 zusammen mit der überarbeiteten Version für die gesamte Cordoba-Reihe auf den Markt zu bringen.

Äußerlich wies der Kleinsegmentwagen Polo-ähnliche horizontale Scheinwerfer und einen Kühlergrill auf, der wie ein Lächeln aussah. Es war ihre Art, ein Auto zu zeigen, das das Leben der Menschen verbessern könnte. Die Zeit der Kombis war noch nicht vorbei, und ein Fahrzeug mit genügend Innenraum als Kompaktwagen war eine gute Nachricht. Während die Front des Autos dem Cordoba mit drei Boxen ähnelte, machten die Designer nach der B-Säule ein längeres Dach und hinter den C-Säulen platzierten sie eine Reihe quadratischer Fenster. Es war kaum ein sehr fantasievolles Kunstwerk. Eher wie ein “Lasst uns einen Rucksack auf dieses Ding setzen”-Job. Am Heck wies der Kombi einen roten Streifen auf, der die vertikal montierten Rücklichter verband.

Im Inneren gab es ein geradliniges Armaturenbrettdesign mit einer zum Boden abfallenden Mittelkonsole und einem kleinen, abgerundeten Kombiinstrument mit leicht neu gestalteten VW Polo-Zifferblättern. Die Vordersitze waren einfach und niedrig auf der Basis montiert, um ein sportliches Gefühl zu erzeugen. Hinten war die Klappbank für zwei erwachsene Passagiere geeignet.

Unter der Motorhaube wurde der berüchtigtste Cordoba Vario mit dem neuen 1,9-Liter-Dieselmotor, mit oder ohne Turboaufladung, aus dem Volkswagen-Teilebehälter ausgestattet. Außerdem bot der Autobauer den Cordoba Vario mit drei Benzinern zur Auswahl an.