Drei Jahre nach der Einführung des Cordoba-Kombimodells stellte der spanische Autohersteller die Facelift-Version der gesamten Baureihe vor.
Während die Kombi-Version nach nur drei Jahren keine Auffrischung benötigte, tat dies der Rest der Baureihe, da er bereits sechs Jahre alt war. Als SEAT 1993 die Cordoba-Reihe auf den Markt brachte, hatte das Unternehmen nicht genug Geld, um eine komplette Reihe zu bauen, also musste es weitere drei Jahre warten, um seinen Kombi im kleinen Segment einzuführen. Als es auf den Markt kam, war sein Aussehen bereits alt, und die Aktualisierung von 1999 hat das behoben.

Das Modell von 1999 hatte weichere Kanten und einige geschwungene Linien über der Karosserie. Seine Scheinwerfer trugen an der Oberseite eine Wölbung, während sein Vorgänger rechteckige hatte. Auf der Suche nach seinem Markenimage führte der Autohersteller ein neues Emblem an der Front ein, umgeben von einer in Wagenfarbe gehaltenen Umrandung. Die Stoßstange war neu und wies quadratische Nebelscheinwerfer anstelle der runden auf. SEAT führte die in Wagenfarbe gehaltenen Türgriffe ein und wertete die Seitenansicht auf. Hinten änderte der Autobauer die Stoßstange und fügte ein schwarzes Gummiband hinzu.

Im Inneren führte der Autohersteller ein völlig neues Armaturenbrett mit besserer Integration für das Belüftungssystem und glatten Lüftungsöffnungen oben auf dem Mittelstapel ein. Im Inneren des Kombiinstruments übernahm SEAT den Stil von Volkswagen für die Zifferblätter, wobei die Temperatur- und Kraftstoffanzeigen in der Mitte und auf der Oberseite des Panels installiert waren.

SEAT bot den Cordoba mit einer Auswahl von sieben Motoren an, sowohl Benziner als auch Diesel, die zwischen 68 PS und 110 PS reichten. Alle Motoren waren mit einem Fünfgang-Schaltgetriebe gekoppelt.