SEAT führte 2006, vier Jahre nach der Markteinführung des Modells, eine Facelift-Version für die Ibiza-Reihe der dritten Generation ein, die das Aussehen des Autos leicht verbesserte.
Der spanische Autobauer musste hinter seinem berühmten Bruder Volkswagen Polo zurückbleiben. Beide Fahrzeuge standen auf der gleichen Plattform, dem PQ24, wie ihr tschechischer Bruder Skoda Fabia. Seltsamerweise hat der Autohersteller bei der Umstellung der Motoren auf die Abgasnorm Euro 4 von 2005 kein Facelifting vorgenommen, sondern ein Jahr später.

Von außen gab es nicht allzu viele optische Veränderungen für das Auto. An der Front änderte der Autohersteller die Stoßstange durch eine aggressiver aussehende. Ein A-förmiger Mittelgrill, flankiert von zwei Clustern für die Nebelscheinwerfer, ersetzte den einfachen, horizontalen aus dem Modell von 2002. Sein Profil blieb nahezu unverändert, während der Stoßfänger hinten seine in Wagenfarbe gehaltenen Schutzstreifen verlor.

Im Inneren ließ der Autobauer fast alles beim Alten, bis auf neue Farben und Polster auf der Optionsliste. Die Basis-Ausstattungsvariante war mit einem Dreispeichen-Lenkrad ausgestattet, während die obere Ausstattungsvariante Lenkradtasten für das Soundsystem erhielt, die nur mit bestimmten CD-Playern erhältlich waren.

Unter der Motorhaube entfernte SEAT den 2,0-Liter-Sauger von der Liste, da er der langsamste Verkäufer im Sortiment war. Es erweiterte das Turbodiesel-Angebot, das sich dank seiner Kraftstoffeffizienz als erfolgreicher erwies, strich jedoch den nicht aufgeladenen 1,9-Liter-Ölbrenner.