En 1999 se introdujo una versión más potente del Audi A3 con el nombre de Audi S3.
El S3 compartió su plataforma con el TT, así como con el VW Golf, Seat Leon y Skoda Octavia.

El modelo remodelado cobró vida en 2001 y contó con actualizaciones de diseño exterior y un rendimiento mejorado.

Estéticamente, los cambios más importantes fueron los nuevos intermitentes que ahora estaban integrados en los faros, las aletas delanteras revisadas y los grupos ópticos traseros. En el interior, el acabado interior se actualizó ligeramente con un reloj digital y diferentes paquetes de audio.

El motor de gasolina turboalimentado de 1.8 litros se actualizó con una tecnología de sincronización variable de válvulas, y el nuevo S3 ahora se beneficia de un impulso de 15 hp.

Las características estándar disponibles con el S3 incluían faros HID de xenón, lavafaros, faros antiniebla, llantas de aleación de 17 pulgadas, asientos de cuero Recaro, control de clima, control electrónico de tracción y un programa electrónico de estabilidad.

Las opciones independientes incluían un sistema de audio Bose premium, un cambiador de CD de 6 discos montado en el baúl, pintura metalizada, llantas de aleación más grandes de 18 pulgadas, un techo corredizo de vidrio, asistencia de estacionamiento, asientos delanteros con calefacción, control de crucero y combinaciones de cuero parcial de tapicería de asientos.

Aunque comercializado como “Quattro”, el S3 en realidad estaba equipado con un sistema Haldex que fue diseñado para ajustar la tracción según el nivel de agarre.

El Audi S3 no estaba disponible para su compra en el mercado norteamericano.