Solo tres años después de presentar la segunda generación del CR-V, Honda presentó una versión renovada, que se mantuvo en el mercado durante otros dos años.
El fabricante de automóviles japonés sacudió el mundo del automóvil cuando presentó el primer CR-V en el Auto Show de Chicago de 1996. Honda era conocido principalmente por su gama Civic compacta y el sedán mediano Accord, pero no como fabricante de SUV. En 2001, presentó la segunda generación y los clientes asaltaron las puertas. En Europa, el principal problema fue la falta de un motor diesel. A Honda no le gustaron los quemadores de aceite, pero hizo uno para la versión remodelada.

Desde el punto de vista del estilo, no hubo demasiados cambios en el automóvil, pero los faros eran diferentes y lucían dos faros para la luz de cruce y la luz de carretera, respectivamente. Su parachoques delantero presentaba una rejilla inferior negra y un escudo de plástico. Otros fabricantes de automóviles adoptaron la misma solución, pero lo pintaron de plata y lo llamaron escudo. En la parte trasera, la CR-V 2004 presentaba el mismo vidrio abatible y puerta trasera con bisagras a la derecha.

El espacioso interior ofrecía cinco asientos reales, con cinturones de tres puntos para todos, lo que no era tan común en esos días. Un capítulo en el que la CR-V fue excelente fue el tamaño de la cajuela, que podía obtener hasta 2040 litros (72,0 pies cúbicos) de espacio con el banco plegable dividido bajado y 950 litros (33,5 pies cúbicos) con los asientos elevados.

Bajo el capó, además de los motores de gasolina de 2.0 litros y 2.4 litros, los europeos recibieron una versión diésel muy esperada que impulsó las ventas del CR-V.