El 406 Coupé recibió una merecida actualización en 2003, cuatro años después de la introducción del vehículo en el mercado.
Una actualización siempre es bienvenida para un automóvil que llegó a la mitad de su ciclo de vida, y Peugeot lo sabía. También sabía que habría nuevos estándares de emisión en Europa, y tenía que adaptarse y mantenerse al día con las nuevas regulaciones. Dicho esto, había algunas modificaciones que había que hacer y otras que eran simplemente opcionales.

El fabricante de automóviles introdujo un nuevo parachoques con una parrilla más alta y más ancha en el faldón delantero. No era tan agresivo como antes. Parecía, de alguna manera, un Gran Tourer. En lugar de las antiguas luces antiniebla cuadradas, el fabricante de automóviles francés usó unas redondas y más pequeñas, menos propensas a chocar con una piedra en la carretera. Si bien se rediseñó el frente, los espejos de las puertas se mantuvieron igual que antes, lo que significa que se pintaron de negro independientemente del color del automóvil.

Mientras que un equipo de diseño maestro escribió el exterior, el interior mantuvo el mismo estilo suave de la versión sedán. Su diseño con aspecto de taxi solo se salvó gracias a los materiales de alta calidad utilizados en los niveles de equipamiento superiores. El fabricante de automóviles ofreció la opción de manijas de las puertas negras o cromadas y anillos plateados alrededor de los diales, lo cual fue agradable. Pero el auto definitivamente merecía asientos más deportivos.

Debajo del capó, Peugeot agregó el motor de gasolina de 2.2 litros, lo que condujo a una versión equilibrada entre el sediento V-6 de 3.0 litros y el lento motor de cuatro cilindros en línea de 2.0 litros. Como su versión no remodelada, el modelo 2003 estaba disponible con una unidad turbo-diesel de 2.2 litros.