Tres años después de presentar el modelo familiar de Córdoba, el fabricante de automóviles español presentó la versión renovada de toda la gama.
Si bien la versión familiar no necesitó una actualización después de solo tres años, el resto de la gama sí lo hizo porque ya tenía seis años. Cuando SEAT lanzó la gama Córdoba en 1993, no tenía suficiente dinero para construir una gama completa, por lo que tuvo que esperar otros tres años para presentar su familiar de segmento pequeño. Cuando se lanzó, su aspecto ya era antiguo, y la actualización de 1999 solucionó eso.

El modelo de 1999 presentaba bordes más suaves y algunas líneas curvas sobre la carrocería. Sus faros lucían una curva en la parte superior, mientras que su antecesor los presentaba rectangulares. En busca de su imagen de marca, el fabricante de automóviles introdujo una nueva insignia en la parte delantera, rodeada por un marco del color de la carrocería. El parachoques era nuevo y presentaba faros antiniebla cuadrados en lugar de redondos. SEAT presentó las manijas de las puertas del color de la carrocería, mejorando el aspecto de la vista lateral. En la parte trasera, el fabricante de automóviles cambió el parachoques y agregó una banda de goma negra.

En el interior, el fabricante de automóviles introdujo un tablero completamente nuevo con una mejor integración para el sistema de ventilación y ventilaciones suaves en la parte superior de la consola central. Dentro del grupo de instrumentos, SEAT adoptó el estilo de Volkswagen para los diales, con los indicadores de temperatura y combustible instalados en el medio y en la parte superior del panel.

SEAT ofreció el Córdoba con siete motorizaciones, tanto de gasolina como diésel, que oscilaban entre los 68 CV y los 110 CV. Todos los motores se combinaron con un manual de cinco velocidades.