Con el gran éxito de los modelos de 1999, Toyota decidió que era hora de rediseñar el Yaris.
La versión actualizada se lanzó en 2003.

El nuevo diseño estaba destinado a crear un automóvil con mejor apariencia, manteniendo algunos de los Yaris originales.

El parachoques delantero, junto con la parrilla del radiador y los faros se renovaron para darle un aspecto más deportivo. En la parte trasera, se rediseñó el parachoques.

Una nueva colección de colores estaba disponible para el lavado de cara Yari, y se destacaba con el acabado de pintura metalizada y otras características como faros antiniebla delanteros, un tubo de escape cromado, llantas de aleación y espejos exteriores y parachoques del mismo color.

Los usuarios podían elegir entre Twilight Blue, Carlo Blue, Thunder Grey, Eclipse Black y Crystal Silver solo para los motores de gasolina VVT-i de 1.0 y 1.3 litros.

Los motores mencionados anteriormente se combinaron con una transmisión manual de 5 velocidades.

La estructura de la carrocería se revisó para mejorar la seguridad, junto con la calidad de conducción y la dinámica del automóvil. Se redujo el nivel de NVH (ruido, vibración, aspereza) y el Yaris se sintió más como un automóvil más grande.

El interior del Yaris era espacioso para un automóvil tan pequeño, y tanto los pasajeros delanteros como los traseros se beneficiaban de una gran comodidad.

Con un tamaño de cajuela decente para un auto de su clase, el Yaris también tenía asientos traseros plegables (con una configuración 60:40) para extender el área de carga si fuera necesario.