Semblable à la deuxième génération de la voiture, la troisième était livrée avec un tout nouveau MR2, un véhicule Toyota également appelé MR-S et MR2 Spyder.
Bien qu’il ressemble à la Porsche Boxster de 1996, le nouveau MR2 est basé sur un concept dévoilé par la société japonaise lors de l’édition 1997 du Tokyo Motorshow. Disponible en deux styles de carrosserie, un cabriolet 2 portes et un coupé 2 portes, le nouveau MR2 est livré avec un nouveau moteur, à savoir un 1,6 litre l4 qui développe 140 chevaux. De plus, Toyota a lancé deux nouvelles versions de transmission, une boîte manuelle à 5 rapports et une boîte manuelle à 6 rapports.