A Audi lançou o modelo S3 de primeira geração em 1999.
Esta versão mais desportiva do Audi A3 partilhava a sua plataforma A com carros como o Audi TT ou o Seat Leon e estava equipada com um motor a gasolina turbo de 1,8 litros de 210 cv. Esta variante desafinada do motor Audi TT recebeu mais tarde um aumento de potência de 15 cv através de um novo sistema de distribuição de válvulas variável. Os novos recursos incluíam um programa eletrônico de controle de tração/estabilidade, faróis de xenônio, controle climático, controle de cruzeiro opcional e bancos dianteiros aquecidos. O Audi S3 de entrada premium recebeu seu primeiro - e único - facelift em 2001, quando sofreu algumas pequenas mudanças em seu design frontal e lateral.