Em abril de 2016, a Audi apresentou a linha A3 atualizada e, juntamente com o restante da linha, a montadora alemã também atualizou o S3.
Desde o início, foi um dos hot-hatches mais quentes do mercado e forneceu um sistema de tração nas quatro rodas. Com o tempo, enquanto a gama A3 evoluiu, o S3 foi constantemente atualizado. A terceira geração do A3 foi atualizada em 2016 e, duas décadas após a primeira geração.

O S3 foi oferecido em quatro versões de carroceria: hatchback de 3 ou 5 portas, cabriolet e sedã. Um novo painel frontal foi introduzido, com uma grade de quadro único mais alta entre os faróis full-LED padrão. Havia um par de air-scoops para resfriar os freios nas laterais, e aqueles não eram apenas para exibição. O S3 mostrou o logotipo S desde as pinças de freio até as rodas de liga leve de 18” com design exclusivo. Um discreto spoiler de teto estava no topo da porta traseira (para as versões hatchback), e quatro escapamentos não tão discretos foram mostrados sob o para-choque.

No interior, o S3 apresentava logotipos S no volante de fundo plano, nas soleiras das portas, nos assentos e na alavanca de câmbio. Dois assentos de balde na frente ofereciam um bom apoio nos cantos. Dependendo das opções, o painel de instrumentos pode apresentar o display digital Audi Virtual Cockpit. A unidade de infoentretenimento MMI (Multi Media Interface) foi instalada como padrão.

Apesar de não ter reclamações sobre o motor de 300 cv oferecido em seu antecessor, o S3 2016 oferecia 10 cv a mais. Foi acoplado como padrão com um manual de 6 velocidades para o hatchback de 3 portas. Em mercados selecionados, como o Reino Unido, a versão de 5 portas e o sedã vinham equipados com uma caixa automática S-Tronic de 7 velocidades (dupla embreagem).