Apenas três anos após a introdução da segunda geração do CR-V, a Honda apresentou uma versão reestilizada, que permaneceu no mercado por mais dois anos.
A montadora japonesa abalou o mundo automotivo quando apresentou o primeiro CR-V no Chicago Auto Show de 1996. A Honda era conhecida principalmente por sua linha compacta Civic e pelo sedã de tamanho médio Accord, mas não como fabricante de SUVs. Em 2001, introduziu a segunda geração, e os clientes invadiram as portas. Na Europa, o principal problema foi a falta de um motor diesel. A Honda não gostou dos queimadores de óleo, mas fez um para a versão reestilizada.

Do ponto de vista do estilo, não houve muitas mudanças no carro, mas os faróis eram diferentes e ostentavam dois faróis para o farol baixo e o farol alto, respectivamente. Seu pára-choque dianteiro apresentava uma grade inferior preta e um escudo de plástico. Outras montadoras adotaram a mesma solução, mas a pintaram de prata e a chamaram de escudo. Na parte de trás, o CR-V 2004 apresentava o mesmo vidro flip-up e porta traseira com dobradiça direita.

O interior espaçoso oferecia cinco assentos reais, com cintos de três pontos para todos, o que não era tão comum naquela época. Um capítulo em que o CR-V foi excelente foi o tamanho do porta-malas, que podia chegar a 2.040 litros (72,0 pés cúbicos) de espaço com o banco rebatível dividido e 950 litros (33,5 pés cúbicos) com os bancos levantados.

Sob o capô, além dos motores a gasolina de 2,0 litros e 2,4 litros, os europeus receberam a tão esperada versão a diesel que impulsionou as vendas do CR-V.