Em 1999, um novo Atos se juntou à linha Hyundai em um esforço para melhorar as críticas iniciais ruins.
O carro foi equipado com o motor Epsilon straight 4 que desenvolvia 55 HP. Dois anos depois, o carro recebeu uma versão melhorada, com 58 cv e também uma nova caixa automática de 4 velocidades como opção. O interior foi reformado para evitar que os acabamentos ficassem tão baratos. Embora o carro fosse melhor que o modelo original, ainda estava muito longe do que o público pensava que um carro citadino deveria ser. Outras melhorias seriam feitas com a introdução do modelo de 2005, trazendo a qualidade para um nível decente.