Logo após o rompimento de seus laços com a Ford, a Mazda começou a reconstruir toda a sua linha, e o Mazda 3 2009 foi uma gama importante.
O Mazda 3 2009 foi baseado no modelo anterior, desenvolvido em conjunto com a Ford. Mas as mudanças trazidas para o modelo foram extensas e importantes.

A aparência externa estava na filosofia de design Zoom-Zoom do japonês. Tinha a aparência de um sedã esportivo compacto e a plataforma para apoiá-lo. Algumas das melhorias importantes em relação à geração anterior foram a introdução padrão do ABS em toda a gama, começando pelo nível de acabamento básico. Para o sedã, foi adicionado um abridor de porta-malas com controle remoto, para complementar o método de abertura de chave. O sedã Mazda 3 oferecia um farol bi-xenônio autonivelante com o sistema de iluminação dianteira adaptável. Foi o primeiro sedã de classe compacta a oferecer um sistema tão avançado.

No interior do veículo foi instalado um novo tablier com materiais de maior qualidade. Alguns dos botões e controles foram reorganizados para melhor ergonomia. Um display Multi-Information foi instalado na parte superior do console central. Incluía informações de navegação, áudio e computador de bordo.

Para o mercado dos EUA, o Mazda 3 Sedan oferecia duas opções de motorização, enquanto na Europa o carro era oferecido com uma escolha mais ampla, tanto a diesel quanto a gasolina. No continente norte-americano, o Mazda 3 foi equipado de série com transmissão automática na parte superior, motor de 2,5 litros.