A ideia do designer italiano Horacio Pagani, a Pagani Automibili é conhecida por fabricar carros super rápidos e fabricar um pouco de fibra de carbono nas laterais. O ano em que a Pagani surgiu foi 1992, mas Horacio estava lidando com carros e design muito antes disso. De fato, segundo alguns, seu amor pelos carros surgiu muito cedo porque aos 12 anos já fazia carros de barro e madeira.
É por isso que aos 20 anos ele já havia projetado seu primeiro carro de corrida com as cores da Renault. Ele aperfeiçoou essas habilidades de design em vários projetos industriais até ser notado por Juan Manuel Fangio, seu herói pessoal que acabou sendo a pessoa que o apresentou à casa dos supercarros da época: Modena na Itália, onde Ferraris e Lamborghinis jogavam .
Foi na Lamborghini, onde Pagani encontrou um emprego como mecânico no início e depois como chefe do departamento de materiais compósitos. Uma vez lá, ele ajudou na concepção e produção do LMA Jeep, Jalpa, Countach Evoluzione e Golf Caddy.
Em 1988, ele já havia desenvolvido um grande interesse pela fibra de carbono e suas aplicações na indústria automotiva. Foi criada a Pagani Composite Research que contribuiu para a criação do Diablo, do Lamborghini P140, do L30 e do Diablo Anniversary. Toda essa experiência com carros exóticos deu a Horacio a confiança para realizar seu sonho de construir seu próprio supercarro, o projeto C8 como foi chamado inicialmente.
Mais tarde, o carro receberia o nome de Fangio F1, para ordenar o herói de Pagani, o homem que venceu o campeonato de F1 5 vezes. Com a crescente demanda no design de carros, Pagani se estabeleceu em 1991. Basicamente, liderando sua própria equipe, Horacio projetou, projetou, modelou e moldou carros protótipos.
Somente em 1992 ele estava pronto para começar a trabalhar em seu protótipo Fangio F1 e para ajudá-lo a alcançar seu sonho, ele fundou a empresa Pagani Automobili. Um ano depois, o carro já havia saído da prancheta para a realidade enquanto estava sendo testado no túnel de vento de Dallara. Então Fangio levou o projeto para a Mercedes, a empresa que forneceu os carros para ajudá-lo a alcançar suas vitórias.
Em 1994, o acordo foi concluído e a Mercedes Benz concordou em alimentar o Pagani com motores V12. Infelizmente, Fangio faleceu em 1995 e foi quando Horacio decidiu mudar o nome por respeito. O carro então se tornou Zonda C12, após uma corrente de ar que flui nos Andes na Argentina, onde Horacio nasceu. O Pagani Zonda foi apresentado no Salão Automóvel de Genebra de 1999.
Baseado no Mercedes Group C Silver Arrows e caças a jato em termos de design, o Zonda é alimentado por um motor V12 DOHC fabricado pela divisão Mercedes AMG exclusivo para este modelo. Uma das características únicas do carro era o escapamento circular de quatro tubos na traseira. Outros modelos incluem Zonda F, Zonda Roadster F, Zonda R Clubsport.
Um novo modelo foi anunciado pela Pagani, o C9 a ser lançado em 2009. Foi dito que este novo carro não será baseado no Zonda, mas ainda será movido por motores Mercedes AMG. Isso se deve ao fato de que, mesmo sendo uma empresa independente, a Pagani trabalha em estreita relação com a Daimler AG, especialmente com o sintonizador interno da Mercedes, AMG.