Em 1999, a Peugeot introduziu uma atualização de ciclo de meia-vida para a linha 406 e, juntamente com o sedã e o cupê, a versão station-wagon também foi atualizada.
A Peugeot obteve grande sucesso com a linha 406 e, graças à sua vasta experiência com as station wagons, introduziu essa carroceria também para seu concorrente do segmento de médio porte. Mas depois de alguns anos no mercado, o carro já parecia velho, e a Peugeot teve que enfrentar a nova onda de tendência de biodesign que levou o Mondeo à frente nas paradas de vendas.

Na frente, a montadora francesa abandonou a grade de ripas do modelo de 96 e a substituiu por uma grade de malha preta. Os faróis receberam um novo ângulo na parte superior e ficaram mais agressivos. A Peugeot encurtou a grade sorridente no avental, reformulou-a e acrescentou um par de faróis de neblina: não há mais rostos sorridentes a partir de agora para a linha 406. Na traseira, a montadora não considerou fazer nenhuma alteração.

Por dentro, houve mais mudanças no painel. A montadora instalou um novo painel de instrumentos com mostradores maiores e anéis cromados ao redor deles. Na pilha central redesenhada, havia novos controles para o sistema HVAC e um novo sistema de som também. Na parte de trás, o 406 Station Wagon oferecia espaço suficiente para três passageiros e um grande porta-malas de 526 litros (18,6 pés cúbicos) com todos os assentos no lugar e até 1.741 litros (61,5 pés cúbicos) com o banco rebatido.

A montadora ofereceu uma ampla escolha de motores que variam entre 90 cv e 210 cv sob o capô. Como novidade para o modelo de 1999, a montadora apresentou os novos motores 2.0 HDI disponíveis com 90, 110 e 136 cv, respectivamente.

A Peugeot teve que substituir o bem-sucedido 405 por algo melhor e conseguiu fazer isso apenas em 1995, quando apresentou o 406 e o 406 Break que se seguiram no ano seguinte.
O 406 foi o último dos veículos de tamanho médio dos anos 80 no mercado europeu. Até o antigo Ford Sierra foi substituído pelo Mondeo, enquanto a Opel/Vauxhall e a Fiat já estavam na fase de facelift com seus carros. A Peugeot esperou um pouco, mas quando lançou o 406, agitou o mercado. No formato station-wagon, oferecia uma alternativa para o segmento de MPV.

Com seus faróis estreitos e uma grade de ripas, o 406 seguiu algumas dicas de design de suas famílias. No lado positivo, mostrou um perfil elegante e esportivo, mesmo no formato de perua. As maçanetas e espelhos das portas na cor da carroceria e a tira de borracha na parte inferior tornavam o carro mais largo. Na parte de trás, as janelas laterais adicionais foram inclinadas para a frente, seguindo uma linha paralela com a porta traseira.

No interior, a nova tendência com o console central estendido no console central isolava o motorista em sua parte da cabine. Tecnologias modernas para a época, como o controle de temperatura digital ou o LCD na parte inferior dos mostradores, transformaram o 406 em uma moderna perua familiar. Na parte de trás, o 406 Wagon oferecia espaço suficiente para até três passageiros e um grande porta-malas de 526 litros (18,6 pés cúbicos) com todos os assentos no lugar.

Sob o capô, a Peugeot oferecia até oito opções de motor, dependendo do mercado. Enquanto a montadora francesa emparelhou todas as versões com um manual padrão de cinco marchas, um automático de quatro marchas estava disponível para versões selecionadas.