O 406 Coupe recebeu uma merecida atualização em 2003, quatro anos após a introdução do veículo no mercado.
Uma atualização é sempre bem-vinda para um carro que atingiu seu ciclo de meia-vida, e a Peugeot sabia disso. Também sabia que haveria novos padrões de emissão na Europa e precisava se adaptar e acompanhar os novos regulamentos. Dito isto, havia algumas modificações que precisavam ser feitas e outras que eram apenas opcionais.

A montadora introduziu um novo pára-choques com uma grade mais alta e mais larga no avental na frente. Não era tão agressivo como antes. Parecia, de alguma forma, um Gran Tourer. Em vez dos faróis de neblina mais antigos e quadrados, a montadora francesa utilizou os redondos e menores, menos propensos a encontrar uma pedra na estrada. Enquanto a frente foi reestilizada, os espelhos das portas foram mantidos como antes, ou seja, pintados de preto, independentemente da cor do carro.

Enquanto uma equipe de design mestre escreveu o exterior, o interior manteve o mesmo estilo suave da versão sedã. Seu layout com aparência de táxi foi salvo apenas pelos materiais de alta qualidade usados nos níveis de acabamento superiores. A montadora ofereceu uma escolha de maçanetas pretas ou cromadas e anéis de prata ao redor dos mostradores, o que foi bom. Mas o carro definitivamente merecia assentos mais esportivos.

Sob o capô, a Peugeot adicionou o motor a gasolina de 2,2 litros, o que levou a uma versão equilibrada entre o sedento V-6 de 3,0 litros e o lento 2,0 litros em linha de quatro. Como sua versão sem facelift, o modelo de 2003 estava disponível com uma unidade turbo-diesel de 2,2 litros.