Três anos depois de apresentar o modelo de station wagon de Córdoba, a montadora espanhola apresentou a versão reestilizada de toda a linha.
Enquanto a versão station wagon não precisava de uma atualização depois de apenas três anos, o restante da linha precisava, pois já tinha seis anos. Quando a SEAT lançou a gama Cordoba em 1993, não tinha dinheiro suficiente para construir uma gama completa, pelo que teve de esperar mais três anos para apresentar a sua carrinha de pequeno segmento. Quando foi lançado, seu visual já era antigo, e a atualização de 1999 corrigiu isso.

O modelo de 1999 apresentava bordas mais suaves e algumas linhas curvas sobre a carroceria. Seus faróis ostentavam uma curva na parte superior, enquanto seu antecessor apresentava os retangulares. Em busca de sua imagem de marca, a montadora introduziu um novo emblema na frente, cercado por um contorno na cor da carroceria. O para-choque era novo e apresentava faróis de neblina quadrados em vez dos redondos. A SEAT introduziu os puxadores das portas na cor da carroçaria, melhorando o visual lateral. Na traseira, a montadora trocou o para-choque e adicionou um elástico preto.

No interior, a montadora apresentou um painel completamente novo com melhor integração para o sistema de ventilação e aberturas suaves no topo do console central. Dentro do painel de instrumentos, a SEAT adotou o estilo da Volkswagen para os mostradores, com os medidores de temperatura e combustível instalados no meio e na parte superior do painel.

A SEAT ofereceu ao Córdoba uma escolha de sete motores, tanto a gasolina como a diesel, variando entre 68 cv e 110 cv. Todos os motores foram emparelhados com um manual de cinco velocidades.

A Seat apresentou a primeira geração do Cordoba em 1993 e, três anos depois, estava disponível como uma versão station-wagon, chamada Vario.
Depois de lançar com sucesso a segunda geração da linha Ibiza, a montadora espanhola apresentou uma versão de três caixas chamada Córdoba. Eles compartilhavam a mesma plataforma com o Polo. Mas a montadora alemã, que já possuía a marca espanhola, decidiu adiar a versão station-wagon e lançá-la em 1996 junto com a versão facelift para toda a linha Córdoba.

Do lado de fora, o vagão de pequeno segmento apresentava faróis horizontais tipo Polo e uma grade que parecia um sorriso. Era o jeito deles de mostrar um carro que poderia melhorar a vida das pessoas. A época das peruas não estava atrasada, e um veículo com espaço interno suficiente como um veículo de tamanho compacto era uma boa notícia. Enquanto a frente do carro era semelhante ao Cordoba de três caixas, depois do pilar B, os projetistas fizeram um teto mais estendido e, atrás dos pilares C, colocaram um conjunto de janelas quadradas. Não era uma obra de arte muito imaginativa. Mais como um trabalho de “vamos colocar uma mochila nessa coisa”. Na traseira, a station-wagon apresentava uma faixa vermelha que conectava as lanternas traseiras montadas verticalmente.

No interior, havia um design de painel simples, com uma pilha central que caía em direção ao chão e um painel de instrumentos pequeno e arredondado com mostradores VW Polo ligeiramente redesenhados. Seus bancos dianteiros eram simples e montados na base para criar uma sensação esportiva. Na parte de trás, o banco dobrável era adequado para dois passageiros de tamanho adulto.

Sob o capô, o mais famoso Cordoba Vario foi equipado com o novo motor diesel de 1,9 litro, turbo ou não, da caixa de peças da Volkswagen. Além disso, a montadora ofereceu o Cordoba Vario com três opções de motores a gasolina.