Três anos depois de apresentar o modelo de station wagon de Córdoba, a montadora espanhola apresentou a versão reestilizada de toda a linha.
Enquanto a versão station wagon não precisava de uma atualização depois de apenas três anos, o restante da linha precisava, pois já tinha seis anos. Quando a SEAT lançou a gama Cordoba em 1993, não tinha dinheiro suficiente para construir uma gama completa, pelo que teve de esperar mais três anos para apresentar a sua carrinha de pequeno segmento. Quando foi lançado, seu visual já era antigo, e a atualização de 1999 corrigiu isso.

O modelo de 1999 apresentava bordas mais suaves e algumas linhas curvas sobre a carroceria. Seus faróis ostentavam uma curva na parte superior, enquanto seu antecessor apresentava os retangulares. Em busca de sua imagem de marca, a montadora introduziu um novo emblema na frente, cercado por um contorno na cor da carroceria. O para-choque era novo e apresentava faróis de neblina quadrados em vez dos redondos. A SEAT introduziu os puxadores das portas na cor da carroçaria, melhorando o visual lateral. Na traseira, a montadora trocou o para-choque e adicionou um elástico preto.

No interior, a montadora apresentou um painel completamente novo com melhor integração para o sistema de ventilação e aberturas suaves no topo do console central. Dentro do painel de instrumentos, a SEAT adotou o estilo da Volkswagen para os mostradores, com os medidores de temperatura e combustível instalados no meio e na parte superior do painel.

A SEAT ofereceu ao Córdoba uma escolha de sete motores, tanto a gasolina como a diesel, variando entre 68 cv e 110 cv. Todos os motores foram emparelhados com um manual de cinco velocidades.