Se a primeira geração do SEAT Cordoba compartilhou muitas peças com o Volkswagen Polo 3, a segunda geração faz o mesmo com a quarta edição do Polo e também com o Skoda Fabia, do qual recebeu vários motores e chassis.
Este novo Cordoba estava disponível em várias configurações de motor, começando com um 1,2 litro de 12 válvulas e terminando com um 2,0 litros. As versões carrinha e coupé deixaram de estar incluídas nesta segunda geração do Córdoba, sendo o sedan o único sabor disponível. Lançado em 2003, a exportação do SEAT Cordoba no Reino Unido foi interrompida em 2006.

A SEAT apresentou a primeira geração do Cordoba em 1993 e, seis anos depois, renovou toda a gama, que consistia em um cupê de duas portas, um sedã de quatro portas e uma perua.
Normalmente, uma montadora atualiza um veículo após quatro anos no mercado. A SEAT estava a passar por momentos difíceis. Como estava sob o Grupo Volkswagen, teve que cumprir as instruções alemãs. No final, essas decisões provaram ser valiosas.

O modelo de 1999 apresentou um novo design, que levou a bordas mais suaves e algumas linhas curvas sobre a carroceria. Seus faróis ostentavam uma curva na parte superior, enquanto seu antecessor apresentava os retangulares. Em busca de sua imagem de marca individual, a montadora introduziu um novo emblema na frente, cercado por um elemento de pára-choques na cor da carroceria. A versão sedã apresentava um chute para cima interessante atrás das portas traseiras e pequenas janelas laterais triangulares. A tampa do porta-malas alta e a saliência traseira curta deram ao carro uma aparência esportiva, apesar do tamanho e das proporções do segmento pequeno.

No interior, a montadora apresentou um painel completamente novo com melhor integração para o sistema de ventilação e aberturas suaves no topo do console central. Dentro do painel de instrumentos, a SEAT adotou o estilo da Volkswagen para os mostradores, com os medidores de temperatura e combustível instalados no meio e na parte superior do painel.

Sob o capô, a SEAT instalou uma gama mais restrita de motores quando comparada com a sua versão sem facelift. Isso resultou depois que a gerência percebeu que os clientes raramente solicitavam motores de maior potência.

A SEAT apresentou o Cordoba em 1993 como uma versão sedã de três caixas do Ibiza, e ambos receberam uma atualização do ciclo de meia-vida em 1996.
A marca espanhola começou a aumentar as suas vendas no mercado europeu. Enquanto o hatchback era popular em alguns países, outros clientes procuravam sedãs de pequeno segmento, como o Córdoba. Após apenas três anos, a SEAT melhorou os seus produtos de acordo com as normas europeias de emissões Euro 2.

Giorgetto Giugiaro projetou o Cordoba 1993 baseado no modelo Ibiza. Na versão reestilizada, a montadora confiou em seu estúdio de design para alterar um pouco a aparência do carro, mas o fez de uma maneira boa. Na parte frontal, os designers fizeram uma grade frontal sorridente com uma ripa central para o escudo cromado da marca. Seu pára-choques de plástico recebeu um par de faróis de neblina retangulares na parte inferior, flanqueando uma grade de resfriamento adicional no avental. A montadora manteve a tampa do porta-malas curta e inclinada na parte de trás e, dependendo das opções, adornou-a com uma asa. As lanternas traseiras vermelhas estavam unidas por uma faixa vermelha interrompida apenas pelo emblema SEAT.

No interior, a SEAT tentou atrair novos clientes com mais características de série, como sistema de ar condicionado, direção assistida e airbag do condutor. Estes não estavam disponíveis no nível de acabamento básico para toda a linha. A montadora espanhola instalou um volante de quatro raios com airbag, enquanto o segundo airbag estava na lista de opções.

A SEAT transferiu todos os motores que pôde de sua empresa-mãe e ofereceu uma escolha de seis motores a gasolina e quatro motores a diesel para o sedã de pequeno porte.