A SEAT apresentou em 2006, quatro anos após o lançamento do modelo, uma versão reestilizada para a linha Ibiza de terceira geração, melhorando ligeiramente o visual do carro.
A montadora espanhola teve que ficar na parte de trás, atrás de seu famoso irmão Volkswagen Polo. Ambos os veículos estavam na mesma plataforma, o PQ24, como seu irmão tcheco, Skoda Fabia. Estranhamente, a montadora não incluiu um facelift quando trocou os motores para os padrões de emissão Euro 4 de 2005, mas o fez um ano depois.

Do lado de fora, não houve muitas mudanças visuais para o carro. Na dianteira, a montadora trocou o para-choque por um mais agressivo. Uma grade central em forma de A ladeada por dois grupos para os faróis de neblina substituiu a simples e horizontal do modelo de 2002. Seu perfil permaneceu praticamente inalterado, enquanto na traseira, o para-choque perdeu as faixas protetoras na cor da carroceria.

Por dentro, a montadora deixou quase tudo como estava, exceto por novas cores e estofamento na lista de opções. O nível de acabamento básico apresentava um volante de três raios, enquanto o nível de acabamento superior recebia botões de volante para o sistema de som, disponíveis apenas com CD players específicos.

Sob o capô, a SEAT removeu a unidade de 2,0 litros naturalmente aspirada da lista, uma vez que era a mais lenta de venda da gama. Ele expandiu a oferta turbo-diesel, que provou ser mais bem-sucedida graças à sua eficiência de combustível, mas excluiu o queimador de óleo de 1,9 litro não turboalimentado.