После четырех лет на рынке третье поколение E-Class было обновлено с заслуженным фейслифтингом, и в автомобиле было заменено около 2000 компонентов.
Обновленный E-Class Estate (универсал) был представлен на Международном автосалоне в Нью-Йорке в 2006 году. Одним из первых больших сюрпризов для покупателей стало то, что базовые цены на четырех- и шестицилиндровые агрегаты остались прежними, хотя базовая дизельная версия получила на 20 лошадиных сил больше.

Снаружи E-Class получил новый бампер и решетку радиатора с характерной стреловидностью. Mercedes-Benz улучшил детали передней панели с двумя фарами, добавив прозрачную верхнюю часть для лучшего освещения. Сзади приемник S211 E-Class универсал со светодиодами для подфарников. Для комплектации Avantgarde был установлен новый комплект боковых порогов и заднего бампера.

В салоне появилось новое рулевое колесо, а система климат-контроля Thermatic входила в стандартную комплектацию всей линейки. В список опций добавлены новые материалы и цвета.

Наиболее важные доработки были сделаны под кожу. Что касается тормозов, фейслифтинг представил адаптивную тормозную систему вместо Sensotronic Brake Control. Что касается двигателей, у клиентов был выбор из тринадцати версий. Шесть из них были новыми или доработанными. Новым топовым двигателем стал 5,5-литровый V8 в E 500.