В 1999 году Peugeot представила обновление среднего цикла для линейки 406, и, наряду с седаном и купе, версия универсал также была модернизирована.
Peugeot пользовался огромным успехом с модельным рядом 406 и, благодаря своему обширному опыту работы с универсалами, представил такой кузов и для своего конкурента в сегменте среднего размера. Но через несколько лет на рынке автомобиль выглядел уже старым, и Peugeot пришлось столкнуться с новой волной тенденции биодизайна, которая продвинула Mondeo вперед в чартах продаж.

Спереди французский автопроизводитель отказался от решетки радиатора модели 96 года и заменил ее черной сетчатой решеткой. Фары получили новый угол наклона верхней части и стали выглядеть более агрессивно. Peugeot укоротил улыбающуюся решетку радиатора на фартуке, изменил ее форму и добавил пару противотуманных фар: больше никаких улыбающихся лиц для линейки 406. В задней части автопроизводитель не собирался вносить какие-либо изменения.

В салоне изменений больше на приборной панели. Автопроизводитель установил новую приборную панель с большими циферблатами и хромированными кольцами вокруг них. На переработанной центральной консоли появились новые элементы управления системой HVAC, а также новая звуковая система. Сзади в универсале 406 было достаточно места для трех пассажиров и большой багажник объемом 526 литров (18,6 кубических футов) со всеми сиденьями на месте и до 1741 литра (61,5 кубических футов) со сложенным диваном.

Автопроизводитель предлагал широкий выбор двигателей мощностью от 90 до 210 л.с. под капотом. В качестве новинки для модели 1999 года автопроизводитель представил новые 2,0-литровые двигатели HDI мощностью 90, 110 и 136 л.с. соответственно.

Peugeot пришлось заменить успешный 405 на что-то лучшее, и ему удалось это сделать только в 1995 году, когда он представил 406 и 406 Break, которые последовали за ним в следующем году.
406 был последним среднеразмерным автомобилем в стиле 80-х на европейском рынке. Даже древний Ford Sierra был заменен Mondeo, а Opel/Vauxhall и Fiat уже находились на стадии фейслифтинга со своими автомобилями. Peugeot подождал некоторое время, но когда он представил 406-й, это всколыхнуло рынок. В форме универсала он предлагал альтернативу сегменту минивэнов.

Модель 406 с узкими фарами и решетчатой решеткой следовала некоторым дизайнерским решениям своих семейств. С положительной стороны, он демонстрировал элегантный, но спортивный профиль, даже в форме универсала. Дверные ручки и зеркала заднего вида в цвет кузова, а также резиновая полоса в нижней части сделали автомобиль еще длиннее. В задней части дополнительные боковые окна были наклонены вперед, параллельно двери багажника.

Внутри новая тенденция с удлиненной центральной стойкой на центральной консоли изолировала водителя в своей части салона. Современные технологии того времени, такие как цифровой климат-контроль или ЖК-дисплей в нижней части циферблатов, превратили 406-й в современный семейный универсал. Сзади 406 Wagon предлагал достаточно места для трех пассажиров и большой багажник на 526 литров (18,6 кубических футов) со всеми сиденьями на своих местах.

Под капотом Peugeot предлагалось до восьми вариантов двигателей, в зависимости от рынка. В то время как французский автопроизводитель сочетал все версии со стандартной пятиступенчатой механической коробкой передач, для некоторых версий была доступна четырехступенчатая автоматическая коробка передач.