Купе 406 получило заслуженное обновление в 2003 году, через четыре года после появления автомобиля на рынке.
Обновление всегда приветствуется для автомобиля, достигшего среднего жизненного цикла, и в Peugeot это знали. Компания также знала, что в Европе будут введены новые нормы выбросов, и ей нужно было адаптироваться и соответствовать новым нормам. Тем не менее, были некоторые модификации, которые нужно было сделать, и некоторые другие, которые были необязательными.

Автопроизводитель представил новый бампер с более высокой и широкой решеткой радиатора в передней части кузова. Он не был таким агрессивным, как раньше. Чем-то он напоминал Gran Tourer. Вместо старых квадратных противотуманных фар французский автопроизводитель использовал круглые и меньшие по размеру, менее подверженные наездам на камни на шоссе. В то время как передняя часть подверглась рестайлингу, наружные зеркала заднего вида остались такими же, как и раньше, то есть окрашены в черный цвет независимо от цвета автомобиля.

В то время как команда мастеров-дизайнеров разработала внешний вид, интерьер сохранил тот же мягкий стиль, что и версия седана. Его макет, похожий на такси, был спасен только благодаря высококачественным материалам, используемым в высших комплектациях. Автопроизводитель предлагал на выбор черные или хромированные дверные ручки и серебряные кольца вокруг циферблатов, что было приятно. Но автомобиль определенно заслуживал более спортивных сидений.

Под капотом Peugeot добавил 2,2-литровый бензиновый двигатель, что привело к сбалансированной версии между прожорливым 3,0-литровым V-6 и медлительным 2,0-литровым рядным четырехцилиндровым двигателем. В версии без фейслифтинга модель 2003 года была доступна с 2,2-литровым турбодизельным двигателем.