Через три года после представления модели универсала Cordoba испанский автопроизводитель представил обновленную версию всего модельного ряда.
В то время как версия универсал не нуждалась в обновлении всего через три года, остальная часть модельного ряда нуждалась в обновлении, поскольку ей уже исполнилось шесть лет. Когда в 1993 году SEAT запустил модельный ряд Cordoba, у него не было достаточно денег, чтобы построить полный модельный ряд, поэтому ему пришлось ждать еще три года, чтобы представить свой универсал для малого сегмента. К тому времени, когда он был запущен, его внешний вид уже был старым, и обновление 1999 года исправило это.

Модель 1999 года отличалась более мягкими краями и изогнутыми линиями кузова. Его фары имели изогнутую верхнюю часть, а его предшественник - прямоугольные. В поисках имиджа своего бренда автопроизводитель представил новый значок спереди, окруженный окантовкой цвета кузова. Бампер был новым и имел квадратные противотуманные фары вместо круглых. SEAT представила дверные ручки в цвет кузова, улучшив вид сбоку. Сзади автопроизводитель изменил бампер и добавил черную резинку.

Внутри автопроизводитель представил совершенно новую приборную панель с улучшенной интеграцией системы вентиляции и гладкими вентиляционными отверстиями в верхней части центральной консоли. Внутри комбинации приборов SEAT принял стиль Volkswagen для циферблатов, с датчиками температуры и уровня топлива, установленными посередине и на верхней стороне панели.

SEAT предлагал Cordoba выбор из семи двигателей, как бензиновых, так и дизельных, мощностью от 68 до 110 л.с. Все двигатели работали в паре с пятиступенчатой механикой.