406 Coupe, aracın piyasaya sunulmasından dört yıl sonra, 2003 yılında hak ettiği bir yenileme aldı.
Orta yaşam döngüsüne ulaşan bir otomobil için yenileme her zaman memnuniyetle karşılanır ve Peugeot bunu biliyordu. Ayrıca Avrupa’da yeni emisyon standartlarının olacağını biliyordu ve yeni düzenlemelere uyum sağlamak ve ayak uydurmak zorundaydı. Bununla birlikte, yapılması gereken bazı değişiklikler ve sadece isteğe bağlı olan bazı değişiklikler vardı.

Otomobil üreticisi, ön taraftaki apronda daha uzun ve daha geniş bir ızgaraya sahip yeni bir tampon tanıttı. Eskisi kadar agresif değildi. Bir şekilde Gran Tourer’a benziyordu. Fransız otomobil üreticisi eski, kare sis farları yerine yuvarlak ve daha küçük, otoyolda bir taşla karşılaşmaya daha az eğilimli olanları kullandı. Ön kısım yeniden şekillendirilirken, kapı aynaları eskisi gibi tutuldu, yani otomobilin renginden bağımsız olarak siyaha boyandı.

Usta bir tasarım ekibi dış tasarımı kaleme alırken, iç tasarım sedan versiyonundaki aynı sade stili korudu. Taksi görünümlü yerleşimi, yalnızca üst trim seviyelerinde kullanılan yüksek kaliteli malzemeler sayesinde kurtarıldı. Otomobil üreticisi, kadranların çevresinde siyah veya krom kapı kolları ve gümüş yüzük seçenekleri sunmuş, bu da güzeldi. Ama araba kesinlikle daha sportif koltukları hak ediyordu.

Peugeot, kaputun altına 2.2 litrelik benzinli motoru ekledi ve bu da susuz 3.0 litrelik V-6 ile durgun 2.0 litrelik sıralı dört arasında dengeli bir versiyona yol açtı. Makyajsız versiyonu olan 2003 modelinde 2.2 litrelik turbo dizel ünite bulunuyordu.