SEAT Cordoba’nın ilk nesli, Volkswagen Polo 3 ile çok fazla parça paylaştıysa, ikinci nesil, Polo’nun dördüncü baskısında ve birden fazla motor ve şasi aldığı Skoda Fabia ile aynı şeyi yapıyor.
Bu yeni Cordoba, 1.2 litrelik 12 valf ile başlayan ve 2.0 litre ile biten çoklu motor konfigürasyonlarında mevcuttu. Estate ve coupe versiyonları artık Cordoba’nın bu ikinci nesline dahil edilmedi, sedan mevcut tek lezzet. 2003 yılında lansmanı yapılan SEAT Cordoba’nın Birleşik Krallık’taki ihracatı 2006 yılında durduruldu.

SEAT, 1993 yılında Cordoba’nın ilk neslini tanıttı ve altı yıl sonra, iki kapılı bir coupe, dört kapılı bir sedan ve bir istasyon vagonundan oluşan tüm seriyi yeniledi.
Genellikle bir otomobil üreticisi, piyasada dört yıl kaldıktan sonra bir aracı yeniler. SEAT zor zamanlardan geçiyordu. Volkswagen Grubu bünyesinde olduğu için Alman direktiflerine uymak zorundaydı. Sonunda, bu kararlar değerli olduğunu kanıtladı.

1999 modeli, daha yumuşak kenarlara ve gövde üzerinde bazı kavisli çizgilere yol açan yeni bir tasarıma sahipti. Bir önceki modelde dikdörtgen farlar bulunurken, farları üst kısımlarında bir kavis oluşturuyordu. Bireysel marka imajını arayan otomobil üreticisi, ön kısımda gövde renginde bir tampon elemanıyla çevrili yeni bir rozet tanıttı. Sedan versiyonu, arka kapıların ve küçük üçgen yan camların arkasında ilginç bir yukarı tekme içeriyordu. Uzun bagaj kapağı ve kısa arka çıkıntısı, küçük segment boyutuna ve oranlarına rağmen araca sportif bir görünüm kazandırdı.

İçeride, otomobil üreticisi havalandırma sistemi için daha iyi entegrasyona ve orta konsolun üzerinde pürüzsüz havalandırmalara sahip tamamen yeni bir gösterge paneli tanıttı. Gösterge panelinin içinde, SEAT, orta ve panelin üst tarafına monte edilmiş sıcaklık ve yakıt göstergeleri ile Volkswagen’in kadran stilini benimsedi.

SEAT, makyajsız versiyonuna kıyasla kaputun altına daha dar bir motor yelpazesi yerleştirdi. Bu, yönetimin müşterilerin nadiren daha yüksek güçlü motorlar talep ettiğini fark etmesinin ardından sonuçlandı.

SEAT, Cordoba’yı 1993’te Ibiza’nın üç kutulu sedan versiyonu olarak tanıttı ve her ikisi de 1996’da orta yaşam döngüsü yenilemesi aldı.
İspanyol marka Avrupa pazarındaki satışlarını artırmaya başladı. Hatchback bazı ülkelerde ana akım iken, diğer müşteriler Cordoba gibi küçük segment sedanları arıyordu. Sadece üç yıl sonra SEAT, ürünlerini Euro 2 Avrupa emisyon standartlarına göre geliştirdi.

Giorgetto Giugiaro, 1993 Cordoba’yı Ibiza modelinden yola çıkarak tasarladı. Makyajlı versiyonda, otomobil üreticisi otomobilin görünümünü biraz değiştirmek için tasarım stüdyosuna güvendi, ancak bunu iyi bir şekilde yaptı. Önde, tasarımcılar markanın krom rozeti için orta çıtalı, gülümseyen bir ön ızgara yaptılar. Plastik sarılı tamponu, apronda ek bir soğutma ızgarasını çevreleyen bir çift dikdörtgen sis lambası aldı. Otomobil üreticisi kısa, eğimli bagaj kapağını arkada tuttu ve seçeneklere bağlı olarak bir kanatla süsledi. Kırmızı arka lambalar, yalnızca SEAT rozeti tarafından kesilen kırmızı bir şeritle birbirine bağlandı.

SEAT, klima sistemi, hidrolik direksiyon ve sürücü hava yastığı gibi daha standart özelliklerle yeni müşteriler çekmeye çalıştı. Bunlar, tüm seri için temel donanım seviyesinde mevcut değildi. İspanyol otomobil üreticisi, hava yastıklı dört kollu bir direksiyon simidi takarken, ikinci hava yastığı seçenekler listesindeydi.

SEAT, ana şirketinden alabileceği tüm motorları devraldı ve küçük boyutlu sedan için altı benzinli ve dört dizel motor seçeneği sundu.