1999 modellerinin büyük başarısı ile Toyota, Yaris’i yeniden tasarlama zamanının geldiğine karar verdi.
Yenilenmiş sürüm 2003 yılında piyasaya sürüldü.

Yeni tasarım, orijinal Yaris’in bir kısmını korurken daha iyi görünen bir araba yaratmayı amaçlıyordu.

Ön tampon, radyatör ızgarası ve farlar yenilenerek daha sportif bir görünüm kazandırıldı. Arkada, tampon yeniden şekillendirildi.

Yüz gerdirme Yari için yeni bir Renk Koleksiyonu mevcuttu ve metalik boya ve ön sis lambaları, krom egzoz borusu, alaşım jantlar ve renk uyumlu kapı aynaları ve tamponlar gibi diğer özelliklerle dikkat çekti.

Kullanıcılar, yalnızca 1.0 litre ve 1.3 litre VVT-i benzinli motorlar için Twilight Blue, Carlo Blue, Thunder Grey, Eclipse Black ve Crystal Silver arasından seçim yapabilirler.

Yukarıda bahsedilen motorlar, 5 vitesli bir manuel şanzıman ile eşleştirildi.

Gövde yapısı, sürüş kalitesi ve otomobilin dinamikleri ile birlikte güvenliği artırmak için revize edildi. NVH (Gürültü, Titreşim, Sertlik) seviyesi düşürüldü ve Yaris daha büyük bir araba gibi hissettirdi.

Yaris’in içi, bu kadar küçük bir araba için genişti ve hem ön hem de arka yolcular büyük konfordan yararlanıyordu.

Kendi sınıfındaki bir otomobil için uygun bir bagaj boyutuna sahip olan Yaris, gerektiğinde yükleme alanını genişletmek için katlanabilir arka koltuklara da (60:40 konfigürasyonlu) sahipti.