1999 führte Peugeot eine Mid-Life-Cycle-Aktualisierung für die 406-Reihe ein, und zusammen mit der Limousine und dem Coupé wurde auch die Kombi-Version aufgerüstet.
Peugeot war mit der 406-Reihe sehr erfolgreich und führte dank seiner großen Erfahrung mit den Kombis eine solche Karosserie auch für seinen Konkurrenten im mittleren Segment ein. Aber nach ein paar Jahren auf dem Markt sah das Auto schon alt aus, und Peugeot musste sich der neuen Welle des Biodesign-Trends stellen, die den Mondeo in den Verkaufscharts nach vorne trieb.

An der Front verzichtete der französische Autohersteller auf den Lamellengrill des 96er Modells und ersetzte ihn durch einen schwarzen Maschengrill. Die Scheinwerfer erhielten an ihrer Oberseite einen neuen Winkel und wirkten aggressiver. Peugeot kürzte den lächelnden Kühlergrill in der Schürze, formte ihn um und fügte ein Paar Nebelscheinwerfer hinzu: ab sofort keine lächelnden Gesichter mehr für die Baureihe 406. Hinten dachte der Autobauer nicht daran, Änderungen vorzunehmen.

Im Inneren gab es weitere Änderungen am Armaturenbrett. Der Autobauer installierte eine neue Instrumententafel mit größeren Zifferblättern und verchromten Ringen um sie herum. Auf dem neu gestalteten Mittelstapel gab es auch neue Bedienelemente für das HVAC-System und ein neues Soundsystem. Hinten bot der 406 Station Wagon genug Platz für drei Passagiere und einen großen Kofferraum mit 526 Litern (18,6 cu-ft) bei allen Sitzen und bis zu 1.741 Litern (61,5 cu-ft) bei umgeklappter Sitzbank.

Unter der Haube bot der Autobauer eine umfangreiche Motorenauswahl zwischen 90 PS und 210 PS. Als Neuheit für das Modelljahr 1999 stellte der Autohersteller die neuen 2,0-Liter-HDI-Motoren vor, die mit 90, 110 bzw. 136 PS erhältlich sind.