Lexus erschütterte die Throne der BMW 3er und der Mercedes-Benz C-Klasse, als es 1998 die IS-Serie vorstellte, und versuchte dann im Jahr 2000, dasselbe mit seinen Kombi-Geschwistern zu tun.
Im Gegensatz zu seinen Hauptkonkurrenten nannte Lexus die fünftürige Version “Sport Cross”, da sie auf halbem Weg zwischen einem Fließheck und einem Kombi lag. Trotzdem bot es mehr Kofferraum als seine Drei-Kasten-Limousinenversion, aber es tauschte etwas Platz für das Gesamtbild ein.

Von außen wies der IS Sport Cross die gleiche Frontverkleidung wie die viertürige Version auf. Der große Unterschied war an den Seiten und am Heck, wo der Autobauer das Dach hinter den C-Säulen verlängerte und ein zusätzliches Seitenfenster platzierte. Hinten wies der IS 200 Sport Cross eine Heckklappe auf, die durch einen auf der Oberseite der Windschutzscheibe angebrachten Dachspoiler aufgewertet wurde.

Im Inneren wies der Sport Cross die gleiche Instrumententafel im Chronographenstil auf wie sein viertüriger Bruder. Der Tachometer in der Mitte teilte sich das gleiche Zifferblatt mit den Anzeigen für Amperemeter, Kühlmitteltemperatur und eine Kraftstoffeffizienzanzeige. Hinten installierte der Autobauer eine im Verhältnis 60/40 geteilt umklappbare Rückbank. Der Kofferraum bot 340 Liter (12 cu-ft) Platz bei allen Sitzen und bis zu 620 Liter (21,9 cu-ft) bei umgeklappter Sitzlehne der Sitzbank. Um längere Gegenstände wie Skier oder Snowboards zu transportieren, installierte der Autobauer einen flach klappbaren Beifahrersitz, der die Ladelänge verlängert.

Unter der Haube versah Lexus den Sport Cross ausschließlich mit einem 3,0-Liter-Motor. Lexus bot dem Fahrzeug einen Hinterradantrieb oder ein Allradsystem an. Die erstere Version war mit einer Fünfgang-Automatik erhältlich, während die letztere mit einer Viergang-Automatik ausgestattet war.