1999 stellte Horacio Pagani den Zonda auf dem Genfer Autosalon vor und veränderte seitdem die Art und Weise, wie Supersportwagen gesehen und gebaut wurden.
Pagani entwarf das Auto als Hommage an einen der größten Rennfahrer der Welt, den Argentinier Juan Manuel Fangio. Das ist einer der Gründe, warum es sich entschieden hat, seine Supersportwagen mit Motoren von Mercedes-Benz anzutreiben. Aber neben dem Motor war es das Aussehen des Autos. Es war einfach hinreißend, nicht von dieser Welt.

An der Front war das Auto mit vier einzelnen Lampen ausgestattet, die auf halbem Weg durch die Kotflügel herausragten. Das Cab-Forward-Design bedeutete, dass es eine größere Blase näher an den Vorderrädern und ein geneigtes Heck gab. Sein Cockpit sah aus wie ein Raumschiff, mit einem schmaleren, abgerundeten Ende. Sein Frontsplitter wies eine vertikale Lamelle auf, die den Luftstrom wie bei einem F1-Rennwagen teilte. Auf der Motorhaube im Heck fügte der Autobauer zwei Kotflügel hinzu. Sie waren nicht für das Aussehen da und erzeugten tatsächlich Abtrieb. Auf der Rückseite gruppierte Pagani wie ein Markenzeichen vier Auspuffanlagen zu einem metallgrauen Ring.

Im Inneren wies der Pagani Zonda S ein exquisites Interieur auf, das für ein Auto geeignet war, das teurer als ein Rolls-Royce war. Es gab weder Airbag für den Fahrer noch ausgefallene Infotainmentsysteme. Es war ein Fahrzeug, das auf Geschwindigkeit ausgelegt war, und seine hochgepolsterten Sitze und das unten abgeflachte Lenkrad bestätigten dies.

Pagani installierte einen 7,3-Liter-Saugmotor von AMG, der Sportabteilung von Mercedes-Benz, der Marke, die mit dem großartigen Juan Manuel Fangio im Motorsport Ruhm und Ehre erlangte. Nur 60 Einheiten wurden jemals hergestellt.