Em 1999, Horacio Pagani apresentou o Zonda no Salão Automóvel de Genebra e mudou a forma como os supercarros eram vistos e construídos desde então.
Pagani projetou o carro como uma homenagem a um dos maiores pilotos do mundo, o argentino Juan Manuel Fangio. Essa é uma razão pela qual optou por alimentar seus supercarros com motores Mercedes-Benz. Mas além do motor, era o visual do carro. Foi simplesmente arrebatador fora deste mundo.

Na frente, o carro apresentava quatro lâmpadas individuais que apareciam na metade dos para-lamas. O design da cabine dianteira significava que havia uma bolha maior perto das rodas dianteiras e uma extremidade traseira inclinada. Seu cockpit parecia uma espaçonave, com um final mais estreito e arredondado. Seu divisor frontal apresentava uma lâmina vertical que dividia o fluxo de ar, como um carro de corrida de F1. A montadora adicionou duas asas no topo da tampa do compartimento do motor na parte traseira. Eles não estavam lá para o visual e, na verdade, criaram downforce. Na parte de trás, como uma assinatura da marca, Pagani agrupou quatro escapamentos em um anel cinza metálico.

No interior, o Pagani Zonda S apresentava um interior requintado, adequado para um carro mais caro que um Rolls-Royce. Não havia airbag para o motorista nem sistemas sofisticados de infoentretenimento. Era um veículo feito para a velocidade, e seus assentos altos e o volante de fundo chato confirmavam isso.

Pagani instalou um motor de 7,3 litros, naturalmente aspirado, fornecido pela AMG, divisão esportiva da Mercedes-Benz, a marca que conheceu a fama e glória com o magnífico Juan Manuel Fangio no automobilismo. Apenas 60 unidades foram feitas.