Das 406 Coupé erhielt 2003, vier Jahre nach der Markteinführung des Fahrzeugs, eine wohlverdiente Auffrischung.
Eine Auffrischung ist für ein Auto, das die Mitte seines Lebenszyklus erreicht hat, immer willkommen, und Peugeot wusste das. Es wusste auch, dass es in Europa neue Abgasnormen geben würde, und musste sich an die neuen Vorschriften anpassen und mit ihnen Schritt halten. Allerdings gab es einige Modifikationen, die erledigt werden mussten, und einige andere, die nur optional waren.

Der Autobauer führte einen neuen Stoßfänger mit einem höheren und breiteren Kühlergrill in der Schürze an der Front ein. Es war nicht mehr so aggressiv wie zuvor. Er ähnelte irgendwie einem Gran Tourer. Anstelle der älteren, eckigen Nebelscheinwerfer verwendete der französische Autobauer runde und kleinere, die auf der Autobahn weniger anfällig für Steinschläge waren. Während die Front neu gestaltet wurde, blieben die Außenspiegel gleich wie zuvor, dh unabhängig von der Farbe des Autos schwarz lackiert.

Während ein meisterhaftes Designteam das Äußere entwarf, behielt das Innere den gleichen faden Stil wie die Limousinenversion bei. Sein taxiartiges Layout wurde nur durch die hochwertigen Materialien gerettet, die in den oberen Ausstattungsvarianten verwendet wurden. Der Autohersteller bot eine Auswahl an schwarzen oder verchromten Türgriffen und silbernen Ringen um die Zifferblätter an, was schön war. Aber das Auto hätte definitiv sportlichere Sitze verdient.

Unter der Motorhaube fügte Peugeot den 2,2-Liter-Benzinmotor hinzu, was zu einer ausgewogenen Version zwischen dem durstigen 3,0-Liter-V-6 und dem trägen 2,0-Liter-Reihenvierer führte. Als nicht überarbeitete Version war das Modell 2003 mit einem 2,2-Liter-Turbodieselaggregat erhältlich.

Bereits 1997 wagte Peugeot mehr und brachte die Coupé-Version des 406 auf den Markt, und das Ergebnis war erstaunlich.
Das von Pininfarina entworfene 406 Coupé wurde aufgrund seiner Linien und seines Stylings sofort als „französischer Ferrari“ bezeichnet. Abgesehen von der technischen Plattform erhielt das italienische Designinstitut jedoch freie Hand, um seiner Kreativität freien Lauf zu lassen.

Mit einem eleganten Design, einer schmalen Frontpartie und schlanken Scheinwerfern war das 406 Coupé wohl das am besten aussehende Auto in seinem Segment. Das war keine leichte Aufgabe, wenn man bedenkt, dass es gegen Mercedes-Benz CLK, Volvo C70 und Lancia Kappa Coupé angetreten ist. Aber Peugeot hatte die Oberhand über ihnen. Die geneigte Windschutzscheibe und das Aussehen des Gewächshauses ähnelten denen des Ferrari 456. Auf der Rückseite vervollständigten die geneigte Windschutzscheibe und der kurze Kofferraumdeckel das aerodynamische Profil des Autos. Trotz seines nach hinten gerichteten Aussehens behielt das 406 Coupé den Frontantrieb seines regulären viertürigen Geschwisters bei.

Im Inneren behielt der Autohersteller die wichtigsten Zifferblätter und Schalter vom Rest des Stalls bei, installierte aber neue, bequeme, nach vorne kippbare Vordersitze. Die profilierte Sitzbank für zwei Personen bot hinten nicht viel Platz für erwachsene Passagiere, war aber ein fairer Kompromiss für das Aussehen des Autos. Je nach Ausstattungsvariante verbaute Peugeot ein mit Stoff oder Leder bezogenes Interieur.

1997 standen die dieselbetriebenen Fahrzeuge kurz davor, den europäischen Markt zu erobern, und obwohl die meisten Puristen das Knattern eines Ölbrenners nicht hören wollten, konnten sie die Kraftstoffeffizienz dieser Kraftwerke nicht leugnen. Daneben bot der Autobauer auch drei Benziner mit vier oder sechs Zylindern an.