Купе 406 получило заслуженное обновление в 2003 году, через четыре года после появления автомобиля на рынке.
Обновление всегда приветствуется для автомобиля, достигшего среднего жизненного цикла, и в Peugeot это знали. Компания также знала, что в Европе будут введены новые нормы выбросов, и ей нужно было адаптироваться и соответствовать новым нормам. Тем не менее, были некоторые модификации, которые нужно было сделать, и некоторые другие, которые были необязательными.

Автопроизводитель представил новый бампер с более высокой и широкой решеткой радиатора в передней части кузова. Он не был таким агрессивным, как раньше. Чем-то он напоминал Gran Tourer. Вместо старых квадратных противотуманных фар французский автопроизводитель использовал круглые и меньшие по размеру, менее подверженные наездам на камни на шоссе. В то время как передняя часть подверглась рестайлингу, наружные зеркала заднего вида остались такими же, как и раньше, то есть окрашены в черный цвет независимо от цвета автомобиля.

В то время как команда мастеров-дизайнеров разработала внешний вид, интерьер сохранил тот же мягкий стиль, что и версия седана. Его макет, похожий на такси, был спасен только благодаря высококачественным материалам, используемым в высших комплектациях. Автопроизводитель предлагал на выбор черные или хромированные дверные ручки и серебряные кольца вокруг циферблатов, что было приятно. Но автомобиль определенно заслуживал более спортивных сидений.

Под капотом Peugeot добавил 2,2-литровый бензиновый двигатель, что привело к сбалансированной версии между прожорливым 3,0-литровым V-6 и медлительным 2,0-литровым рядным четырехцилиндровым двигателем. В версии без фейслифтинга модель 2003 года была доступна с 2,2-литровым турбодизельным двигателем.

Еще в 1997 году Peugeot решился на большее и выпустил версию купе 406, и результат был ошеломляющим.
Разработанный Pininfarina купе 406 сразу же получил прозвище «французский Ferrari» благодаря своим линиям и стилю. Однако, помимо технической платформы, итальянский институт дизайна получил полную свободу действий для выражения своего творчества.

Обладая элегантным дизайном, узкой передней частью и тонкими фарами, 406 Coupe, возможно, был самым красивым автомобилем в своем сегменте. Это была непростая задача, учитывая, что он конкурировал с Mercedes-Benz CLK, Volvo C70 и Lancia Kappa Coupe. Но у Peugeot было преимущество над ними. Наклонное ветровое стекло и внешний вид теплицы напоминали таковые у Ferrari 456. В задней части наклонное ветровое стекло и короткая крышка багажника завершали аэродинамический профиль автомобиля. Несмотря на вид кабины сзади, купе 406 сохранило систему переднего привода от своего обычного четырехдверного брата.

Внутри автопроизводитель сохранил основные циферблаты и переключатели от остальной части конюшни, но установил новые удобные передние сиденья с наклоном вперед. Профилированная скамья для двоих не давала достаточно места для взрослых пассажиров сзади, но это была справедливая сделка для внешнего вида автомобиля. В зависимости от уровня отделки салона Peugeot устанавливал тканевый или кожаный салон.

В 1997 году автомобили с дизельным двигателем были на пороге завоевания европейского рынка, и, хотя большинство пуристов не хотели слышать дребезжащий звук масляной горелки, они не могли отрицать топливную экономичность этих силовых установок. Кроме того, автопроизводитель также предлагал три бензиновых агрегата с четырьмя или шестью цилиндрами.