En 1999, Horacio Pagani presentó el Zonda en el Salón del Automóvil de Ginebra y desde entonces cambió la forma en que se veían y construían los superdeportivos.
Pagani diseñó el auto como un homenaje a uno de los mejores pilotos de carreras del mundo, el argentino Juan Manuel Fangio. Esa es una de las razones por las que eligió impulsar sus superdeportivos con motores Mercedes-Benz. Pero además del motor, estaba el aspecto del coche. Fue simplemente deslumbrante fuera de este mundo.

En la parte delantera, el automóvil presentaba cuatro luces individuales que saltaban a la mitad de los guardabarros. El diseño de la cabina hacia adelante significaba que había una burbuja más grande cerca de las ruedas delanteras y una parte trasera inclinada. Su cabina parecía una nave espacial, con un final más angosto y redondeado. Su divisor frontal presentaba una lama vertical que dividía el flujo de aire, como un auto de carreras de F1. El fabricante de automóviles agregó dos alas en la parte superior de la tapa del compartimiento del motor en la parte trasera. No estaban allí por la apariencia y en realidad crearon carga aerodinámica. En la parte trasera, como firma de la marca, Pagani agrupó cuatro escapes en un aro gris metalizado.

En el interior, el Pagani Zonda S presentaba un interior exquisito, apto para un automóvil más costoso que un Rolls-Royce. No había bolsa de aire para el conductor ni sofisticados sistemas de información y entretenimiento. Era un vehículo hecho para la velocidad, y sus asientos con respaldo alto y el volante de base plana lo confirmaban.

Pagani instaló un motor atmosférico de 7.3 litros provisto por AMG, la división deportiva de Mercedes-Benz, la marca que conoció la fama y la gloria con el magnífico Juan Manuel Fangio en el automovilismo. Solo se fabricaron 60 unidades.