El 406 Coupé recibió una merecida actualización en 2003, cuatro años después de la introducción del vehículo en el mercado.
Una actualización siempre es bienvenida para un automóvil que llegó a la mitad de su ciclo de vida, y Peugeot lo sabía. También sabía que habría nuevos estándares de emisión en Europa, y tenía que adaptarse y mantenerse al día con las nuevas regulaciones. Dicho esto, había algunas modificaciones que había que hacer y otras que eran simplemente opcionales.

El fabricante de automóviles introdujo un nuevo parachoques con una parrilla más alta y más ancha en el faldón delantero. No era tan agresivo como antes. Parecía, de alguna manera, un Gran Tourer. En lugar de las antiguas luces antiniebla cuadradas, el fabricante de automóviles francés usó unas redondas y más pequeñas, menos propensas a chocar con una piedra en la carretera. Si bien se rediseñó el frente, los espejos de las puertas se mantuvieron igual que antes, lo que significa que se pintaron de negro independientemente del color del automóvil.

Mientras que un equipo de diseño maestro escribió el exterior, el interior mantuvo el mismo estilo suave de la versión sedán. Su diseño con aspecto de taxi solo se salvó gracias a los materiales de alta calidad utilizados en los niveles de equipamiento superiores. El fabricante de automóviles ofreció la opción de manijas de las puertas negras o cromadas y anillos plateados alrededor de los diales, lo cual fue agradable. Pero el auto definitivamente merecía asientos más deportivos.

Debajo del capó, Peugeot agregó el motor de gasolina de 2.2 litros, lo que condujo a una versión equilibrada entre el sediento V-6 de 3.0 litros y el lento motor de cuatro cilindros en línea de 2.0 litros. Como su versión no remodelada, el modelo 2003 estaba disponible con una unidad turbo-diesel de 2.2 litros.

Allá por 1997, Peugeot se atrevió más y lanzó la versión coupé del 406, y el resultado fue asombroso.
Diseñado por Pininfarina, el 406 Coupe fue apodado instantáneamente como el “Ferrari francés” debido a sus líneas y estilo. Sin embargo, además de la plataforma técnica, el instituto de diseño italiano recibió carta blanca para expresar su creatividad.

Con un diseño elegante, una parte delantera estrecha y faros delgados, el 406 Coupe era sin duda el automóvil más atractivo de su segmento. Esa no fue una tarea fácil considerando que compitió contra Mercedes-Benz CLK, Volvo C70 y Lancia Kappa Coupe. Pero Peugeot tenía ventaja sobre ellos. El parabrisas inclinado y el aspecto del invernadero se parecían a los del Ferrari 456. En la parte trasera, el parabrisas inclinado y la tapa corta del maletero completaban el perfil aerodinámico del coche. A pesar de su apariencia de cabina trasera, el 406 Coupe retuvo el sistema de tracción delantera de su hermano regular de cuatro puertas.

En el interior, el fabricante de automóviles mantuvo los diales e interruptores principales del resto del establo, pero instaló asientos delanteros nuevos, cómodos e inclinables hacia adelante. El banco perfilado para dos no proporcionaba mucho espacio para pasajeros adultos en la parte trasera, pero era un intercambio justo para la apariencia del auto. Dependiendo del nivel de equipamiento, Peugeot instaló un interior forrado en tela o cuero.

En 1997, los vehículos diésel estaban a punto de conquistar el mercado europeo y, aunque la mayoría de los puristas no querían escuchar el traqueteo de un quemador de aceite, no podían negar la eficiencia de combustible de esas centrales eléctricas. Aparte de eso, el fabricante de automóviles también ofreció tres unidades a gasolina con cuatro o seis cilindros.