O 406 Coupe recebeu uma merecida atualização em 2003, quatro anos após a introdução do veículo no mercado.
Uma atualização é sempre bem-vinda para um carro que atingiu seu ciclo de meia-vida, e a Peugeot sabia disso. Também sabia que haveria novos padrões de emissão na Europa e precisava se adaptar e acompanhar os novos regulamentos. Dito isto, havia algumas modificações que precisavam ser feitas e outras que eram apenas opcionais.

A montadora introduziu um novo pára-choques com uma grade mais alta e mais larga no avental na frente. Não era tão agressivo como antes. Parecia, de alguma forma, um Gran Tourer. Em vez dos faróis de neblina mais antigos e quadrados, a montadora francesa utilizou os redondos e menores, menos propensos a encontrar uma pedra na estrada. Enquanto a frente foi reestilizada, os espelhos das portas foram mantidos como antes, ou seja, pintados de preto, independentemente da cor do carro.

Enquanto uma equipe de design mestre escreveu o exterior, o interior manteve o mesmo estilo suave da versão sedã. Seu layout com aparência de táxi foi salvo apenas pelos materiais de alta qualidade usados nos níveis de acabamento superiores. A montadora ofereceu uma escolha de maçanetas pretas ou cromadas e anéis de prata ao redor dos mostradores, o que foi bom. Mas o carro definitivamente merecia assentos mais esportivos.

Sob o capô, a Peugeot adicionou o motor a gasolina de 2,2 litros, o que levou a uma versão equilibrada entre o sedento V-6 de 3,0 litros e o lento 2,0 litros em linha de quatro. Como sua versão sem facelift, o modelo de 2003 estava disponível com uma unidade turbo-diesel de 2,2 litros.

Em 1997, a Peugeot ousou mais e lançou a versão cupê do 406, e o resultado foi surpreendente.
Desenhado por Pininfarina, o 406 Coupe foi instantaneamente apelidado de “Ferrari Francesa” devido às suas linhas e estilo. No entanto, além da plataforma técnica, o instituto de design italiano recebeu carta branca para expressar sua criatividade.

Com um design de aparência elegante, frente estreita e faróis finos, o 406 Coupe foi sem dúvida o carro mais bonito em seu segmento. Essa não foi uma tarefa fácil, considerando que competiu com Mercedes-Benz CLK, Volvo C70 e Lancia Kappa Coupe. Mas a Peugeot tinha vantagem sobre eles. O para-brisa inclinado e o visual da estufa lembravam os da Ferrari 456. Na traseira, o para-brisa inclinado e a tampa do porta-malas curta completavam o perfil aerodinâmico do carro. Apesar de sua aparência traseira da cabine, o 406 Coupe manteve o sistema de tração dianteira de seu irmão regular de quatro portas.

No interior, a montadora manteve os principais mostradores e interruptores do resto do estável, mas instalou novos bancos dianteiros confortáveis e inclinados para a frente. O banco com perfil para dois não oferecia muito espaço para passageiros adultos na parte de trás, mas era uma troca justa para o visual do carro. Dependendo do nível de acabamento, a Peugeot instalou um interior em tecido ou couro.

Em 1997, os veículos movidos a diesel estavam prestes a conquistar o mercado europeu e, embora a maioria dos puristas não quisesse ouvir o barulho de um queimador de óleo, eles não podiam negar a eficiência de combustível dessas usinas. Além disso, a montadora também ofereceu três unidades a gasolina com quatro ou seis cilindros.