В 1999 году Орасио Пагани представил Zonda на автосалоне в Женеве и с тех пор изменил взгляд на суперкары и их производство.
Пагани разработал автомобиль как дань уважения одному из величайших гонщиков мира, аргентинцу Хуану Мануэлю Фанхио. Это одна из причин, по которой компания решила оснастить свои суперкары двигателями Mercedes-Benz. Но помимо двигателя, это был внешний вид автомобиля. Это было просто восхитительно из этого мира.

Спереди у автомобиля было четыре отдельных фонаря, которые выскочили из-под крыльев. Конструкция кабины, направленной вперед, означала, что ближе к передним колесам был больший пузырь, а задняя часть была наклонной. Его кабина выглядела как космический корабль с более узким закругленным окончанием. Его передний сплиттер имел вертикальную планку, которая разделяла воздушный поток, как в гоночном автомобиле F1. Автопроизводитель добавил два крыла поверх крышки моторного отсека в задней части. Они были там не для внешнего вида, а фактически создавали прижимную силу. Сзади, как визитная карточка бренда, Pagani сгруппировала четыре выхлопных трубы в серо-металлическое кольцо.

Внутри Pagani Zonda S отличался изысканным интерьером, подходящим для автомобиля дороже, чем Rolls-Royce. Не было ни подушки безопасности для водителя, ни модных информационно-развлекательных систем. Это был автомобиль, созданный для скорости, и его высокие сиденья и рулевое колесо с плоским дном подтверждали это.

Pagani установил 7,3-литровый безнаддувный двигатель, предоставленный AMG, спортивным подразделением Mercedes-Benz, марки, которая знала известность и славу с великолепным Хуаном Мануэлем Фанхио в автоспорте. Всего было изготовлено 60 единиц.