1999’da Horacio Pagani, Zonda’yı Cenevre Otomobil Fuarı’nda tanıttı ve o zamandan beri süper arabaların görülme ve inşa edilme şeklini değiştirdi.
Pagani, arabayı dünyanın en büyük yarış sürücülerinden biri olan Arjantinli Juan Manuel Fangio’ya bir övgü olarak tasarladı. Süper arabalarını Mercedes-Benz motorlarıyla güçlendirmeyi seçmesinin bir nedeni de budur. Ama motorun yanı sıra, arabanın görünüşüydü. Sadece bu dünyadan büyüleyiciydi.

Önde, araba çamurlukların ortasından fırlayan dört ayrı lambaya sahipti. Kabin ön tasarımı, ön tekerleklere daha yakın daha büyük bir baloncuk ve eğimli bir arka uç olduğu anlamına geliyordu. Kokpiti, daha dar, yuvarlak bir ucu olan bir uzay aracına benziyordu. Ön ayırıcısı, bir F1 yarış arabası gibi hava akışını bölen dikey bir çıtaya sahipti. Otomobil üreticisi, arkadaki motor bölmesi kapağının üstüne iki kanat ekledi. Görünüm için orada değillerdi ve aslında yere basma kuvveti yarattılar. Arkada, markanın bir imzası gibi, Pagani dört egzozu metalik gri bir halkada gruplandırdı.

İçeride, Pagani Zonda S, Rolls-Royce’dan daha pahalı bir arabaya uygun, zarif bir iç mekana sahipti. Sürücü için hava yastığı ya da süslü bilgi-eğlence sistemleri yoktu. Hız için yapılmış bir araçtı ve yüksek destekli koltukları ve düz tabanlı direksiyon simidi bunu doğruladı.

Pagani, motor yarışlarında muhteşem Juan Manuel Fangio ile ün ve ihtişamı bilen Mercedes-Benz’in spor bölümü AMG tarafından sağlanan 7.3 litrelik, doğal emişli bir motor kurdu. Sadece 60 adet üretildi.