406 Coupe, aracın piyasaya sunulmasından dört yıl sonra, 2003 yılında hak ettiği bir yenileme aldı.
Orta yaşam döngüsüne ulaşan bir otomobil için yenileme her zaman memnuniyetle karşılanır ve Peugeot bunu biliyordu. Ayrıca Avrupa’da yeni emisyon standartlarının olacağını biliyordu ve yeni düzenlemelere uyum sağlamak ve ayak uydurmak zorundaydı. Bununla birlikte, yapılması gereken bazı değişiklikler ve sadece isteğe bağlı olan bazı değişiklikler vardı.

Otomobil üreticisi, ön taraftaki apronda daha uzun ve daha geniş bir ızgaraya sahip yeni bir tampon tanıttı. Eskisi kadar agresif değildi. Bir şekilde Gran Tourer’a benziyordu. Fransız otomobil üreticisi eski, kare sis farları yerine yuvarlak ve daha küçük, otoyolda bir taşla karşılaşmaya daha az eğilimli olanları kullandı. Ön kısım yeniden şekillendirilirken, kapı aynaları eskisi gibi tutuldu, yani otomobilin renginden bağımsız olarak siyaha boyandı.

Usta bir tasarım ekibi dış tasarımı kaleme alırken, iç tasarım sedan versiyonundaki aynı sade stili korudu. Taksi görünümlü yerleşimi, yalnızca üst trim seviyelerinde kullanılan yüksek kaliteli malzemeler sayesinde kurtarıldı. Otomobil üreticisi, kadranların çevresinde siyah veya krom kapı kolları ve gümüş yüzük seçenekleri sunmuş, bu da güzeldi. Ama araba kesinlikle daha sportif koltukları hak ediyordu.

Peugeot, kaputun altına 2.2 litrelik benzinli motoru ekledi ve bu da susuz 3.0 litrelik V-6 ile durgun 2.0 litrelik sıralı dört arasında dengeli bir versiyona yol açtı. Makyajsız versiyonu olan 2003 modelinde 2.2 litrelik turbo dizel ünite bulunuyordu.

1997’de Peugeot daha fazla cüret etti ve 406’nın coupe versiyonunu piyasaya sürdü ve sonuç şaşırtıcıydı.
Pininfarina tarafından tasarlanan 406 Coupe, çizgileri ve stili nedeniyle anında “Fransız Ferrari” olarak adlandırıldı. Ancak, teknik platformun yanı sıra, İtalyan tasarım enstitüsü yaratıcılığını ifade etmek için serbest bir el aldı.

Şık görünümlü tasarımı, dar ön ucu ve ince farları ile 406 Coupe, kendi segmentindeki tartışmasız en iyi görünen otomobildi. Mercedes-Benz CLK, Volvo C70 ve Lancia Kappa Coupe ile rekabet ettiği düşünüldüğünde bu kolay bir iş değildi. Ama Peugeot onlardan üstündü. Eğimli ön cam ve seranın görünümü Ferrari 456’dakilere benziyordu. Arka tarafta eğimli ön cam ve kısa bagaj kapağı otomobilin aerodinamik profilini tamamlıyordu. Kabinin arkaya dönük görünümüne rağmen, 406 Coupe, önden çekiş sistemini normal, dört kapılı kardeşinden korudu.

İçeride, otomobil üreticisi ahırın geri kalanından ana kadranları ve anahtarları tuttu, ancak yeni, konforlu, öne eğilebilir ön koltuklar yerleştirdi. Profilli iki kişilik oturma yeri, arkada yetişkin yolcular için yeterli alan sağlamadı, ancak otomobilin görünümü açısından adil bir ticaretti. Döşeme seviyesine bağlı olarak Peugeot, bir kumaş veya deri kaplı iç mekan yerleştirdi.

1997’de dizel motorlu araçlar Avrupa pazarını fethetmenin eşiğindeydi ve çoğu saflık tutkunu bir yağ yakıcının tıkırdayan sesini duymak istemese de, bu enerji santrallerinin yakıt verimliliğini inkar edemezdi. Bunun dışında, otomobil üreticisi ayrıca dört veya altı silindirli üç benzinli ünite teklif etti.