Die zweite Generation des Discovery wurde ab 1999 vermarktet.
Zu diesem Zeitpunkt lag der Fokus nicht mehr auf dem Zweckfahrzeug, sondern auf einem größeren, sichereren Stadtauto. Das bedeutete, den Innenraum zu verändern, um ihn komfortabler und alltagstauglicher zu machen. Die Heckkarosserie erhielt eine Verlängerung, um den Kofferraum zu maximieren, was sich später als Beeinträchtigung der Stabilität des Autos im Gelände herausstellte. Ein neuer Motor wurde eingeführt, der 5-Zylinder-Reihendiesel mit Direkteinspritzung, der mehr Leistung abgab und eine bessere Kraftstoffeffizienz als sein Vorgänger aufwies. Der V8 wurde auf 4.0 aufgerüstet und erhielt eine neue Abgasanlage, die die Leistung verbesserte.