A Skoda atualizou a linha Yeti em 2013, melhorando drasticamente sua aparência e atualizando seus motores para os novos padrões europeus de poluição.
A introdução dos padrões europeus de poluição Euro 5b em janeiro de 2013 forçou mais montadoras a melhorar seus veículos. Não era mais apenas sobre as emissões do motor. Foi também sobre sistemas de segurança e fator de reciclagem de automóveis. A Skoda teve que melhorar o Yeti de qualquer maneira depois de quatro anos no mercado, e foi mais uma reforma do que apenas uma maquiagem.

Enquanto seu antecessor apresentava faróis de neblina distintos circundados em um conjunto separado ao lado dos faróis, o Yeti 2013 apareceu com um painel frontal completamente novo. Seu tema de design de estilo cubista com faróis retangulares e um visual pronunciado para o escudo da parte inferior da carroceria ofereciam ao crossover uma postura mais ousada. O pilar C e a moldura da porta escurecidos faziam o carro parecer uma picape com um painel de janela mais longo. Na traseira, a montadora checa redesenhou as lanternas traseiras com linhas claras que formavam uma letra C, de “Clever”.

No interior, o Yeti apresentava pequenas atualizações no painel e um novo volante com mais botões e um raio inferior oco (dependendo do nível de acabamento). Devido ao novo sistema de infoentretenimento, o carro poderia ter sido equipado com uma câmera de ré.

Quatro motores a diesel e três a gasolina foram escolhidos para o Skoda Yeti 2013 - todos turboalimentados e com injeção direta. O espectro de desempenho variou de um 1.2 TSI com 105 cv a um 2.0 TDI com 170 cv. A tração dianteira ou integral de quinta geração com acoplamento Haldex foi instalada dependendo das especificações do motor.

Depois de apresentado pela primeira vez pela montadora tcheca como um estudo de conceito em 2005, a Skoda decidiu levar o Yeti à produção em massa.
A segunda metade de 2009 vê a introdução no mercado do novo SUV pequeno da Skoda movido por dois motores a gasolina e 3 unidades a diesel, todos eles em conformidade com os regulamentos de emissões EURO 5. Seu nome tenta sugerir que o pequeno off-roader é capaz de alcançar qualquer terreno, já que há rumores de que a criatura mística do Yeti vive em lugares de alta montanha. O Skoda Yeti compete contra outros pequenos rivais SUV, como Hyundai Tucson, Kia Sportage, Nissan Qasqai e Suzuki Grand Vitara.