Wenn die erste Generation des SEAT Cordoba viele Teile mit dem Volkswagen Polo 3 teilte, macht die zweite Generation dasselbe mit der vierten Ausgabe des Polo sowie mit dem Skoda Fabia, von dem sie mehrere Motoren und das Fahrgestell erhielt.
Dieser neue Cordoba war in mehreren Motorkonfigurationen erhältlich, beginnend mit einem 1,2-Liter-12-Ventiler und endend mit einem 2,0-Liter-Motor. Die Kombi- und Coupé-Versionen waren in dieser zweiten Generation von Cordoba nicht mehr enthalten, da die Limousine die einzige verfügbare Geschmacksrichtung war. Im Jahr 2003 gestartet, wurde der Export des SEAT Cordoba in das Vereinigte Königreich im Jahr 2006 eingestellt.