SEAT Cordoba’nın ilk nesli, Volkswagen Polo 3 ile çok fazla parça paylaştıysa, ikinci nesil, Polo’nun dördüncü baskısında ve birden fazla motor ve şasi aldığı Skoda Fabia ile aynı şeyi yapıyor.
Bu yeni Cordoba, 1.2 litrelik 12 valf ile başlayan ve 2.0 litre ile biten çoklu motor konfigürasyonlarında mevcuttu. Estate ve coupe versiyonları artık Cordoba’nın bu ikinci nesline dahil edilmedi, sedan mevcut tek lezzet. 2003 yılında lansmanı yapılan SEAT Cordoba’nın Birleşik Krallık’taki ihracatı 2006 yılında durduruldu.