Si la première génération de SEAT Cordoba partageait beaucoup de pièces avec la Volkswagen Polo 3, la deuxième génération fait la même chose avec la quatrième édition de la Polo ainsi qu’avec la Skoda Fabia dont elle a reçu plusieurs moteurs et le châssis.
Cette nouvelle Cordoba était disponible dans plusieurs configurations de moteur, commençant par un 1,2 litre à 12 soupapes et se terminant par un 2,0 litres. Les versions break et coupé n’étaient plus incluses dans cette deuxième génération de Cordoba, la berline étant la seule saveur disponible. Lancée en 2003, l’exportation de la SEAT Cordoba au Royaume-Uni a été stoppée en 2006.