Se a primeira geração do SEAT Cordoba compartilhou muitas peças com o Volkswagen Polo 3, a segunda geração faz o mesmo com a quarta edição do Polo e também com o Skoda Fabia, do qual recebeu vários motores e chassis.
Este novo Cordoba estava disponível em várias configurações de motor, começando com um 1,2 litro de 12 válvulas e terminando com um 2,0 litros. As versões carrinha e coupé deixaram de estar incluídas nesta segunda geração do Córdoba, sendo o sedan o único sabor disponível. Lançado em 2003, a exportação do SEAT Cordoba no Reino Unido foi interrompida em 2006.